9bky

Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bky
沉积日期 deposition_date	2024-04-29
最后修订 last_revision	2024-05-08
结构标题 title	Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound)
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Trichomonas vaginalis, C2 domain, LIPID BINDING PROTEIN ;; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.00 Å
零角强度 I(0) i0	38909700.00
分子量 molecular_weight	47119.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58472 Å³
包络体积 envelope_volume	73155 Å³
水化壳体积 shell_volume	25878 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.53 Å
包络 Rg envelope_rg	24.04 Å
形状 Rg shape_rg	23.97 Å
总 Rg total_rg	24.87 Å
总原子数 total_atoms	3297
残基数 n_residues	398
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6871000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.974

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	XYPPX repeat family protein
分子量 formula_weight	15905.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3612

MAHHHHHHMTLTFNIKVIEAKDLPKVDTFGKVDPYVQIQLGNEKCKTKVIKKSYNPVWNETFSIPVTNPKAPLNITVVDYDFIGSNDAFAYIHFNQQEFNVGQVVDKWYMLNSYKAGRSAGQIHLVIHLATQNMKPFE

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	271

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.399 Å
晶胞边长 b length_b	86.399 Å
晶胞边长 c length_c	132.663 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	44.940 Å
R 因子 r_factor	0.1811
R_work r_work	0.1796
R_free r_free	0.2094

fit	/app/data/saxs_computation/bk/9bky/9bky.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/9bky/9bky.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/9bky/9bky.dat

Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction