9bkz

Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (CoA and ADP bound)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bkz
沉积日期 deposition_date	2024-04-29
最后修订 last_revision	2024-05-08
结构标题 title	Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (CoA and ADP bound)
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.13 Å
零角强度 I(0) i0	37821600.00
分子量 molecular_weight	44711.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55030 Å³
包络体积 envelope_volume	72296 Å³
水化壳体积 shell_volume	25686 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.1 Å
壳层 Rg shell_rg	30.45 Å
包络 Rg envelope_rg	23.94 Å
形状 Rg shape_rg	24.15 Å
总 Rg total_rg	24.81 Å
总原子数 total_atoms	3136
残基数 n_residues	396
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.126
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Dephospho-CoA kinase
分子量 formula_weight	23850.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.24
突变 mutation	G2T, V127I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3148

MAHHHHHHMTYTVALTGGIGSGKSTVADEFAHLGVTVIDADIIARQVVEPGTPALLAIAERFGPQMINDDGSLNRRRLRERIFAHSEDKAWLNALLHPLIQQETRRQMQASTSPYLLWVVPLLVENRLTDKADRILVVDVPKETQIERTIRRDGVSREHAEHILAAQATREQRLAAADDVIENMGSADAVASHVARLHDKYLMLASQAASQEKP

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	548
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.096 Å
晶胞边长 b length_b	50.551 Å
晶胞边长 c length_c	70.595 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	39.640 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2313
R_free r_free	0.2831

fit	/app/data/saxs_computation/bk/9bkz/9bkz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/9bkz/9bkz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/9bkz/9bkz.dat

Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (CoA and ADP bound)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction