9bop

;A broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein that can potentiate the breadth and neutralization potency of other anti-glycoprotein antibodies ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 143.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bop
沉积日期 deposition_date	2024-05-05
结构标题 title	;A broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein that can potentiate the breadth and neutralization potency of other anti-glycoprotein antibodies ;
关键词 keywords	Ebola, IgG, neutralization, complex, glycoprotein, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, ebolavirus; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.73 Å
零角强度 I(0) i0	838056000.00
分子量 molecular_weight	239320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	299150 Å³
包络体积 envelope_volume	419370 Å³
水化壳体积 shell_volume	77182 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.2 Å
壳层 Rg shell_rg	50.63 Å
包络 Rg envelope_rg	43.70 Å
形状 Rg shape_rg	44.68 Å
总 Rg total_rg	45.16 Å
总原子数 total_atoms	16858
残基数 n_residues	2162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	838300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8906
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.086
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.490
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.889

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	11883 heavy chain
分子量 formula_weight	15837.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	16858

SFEATMETGLRWLLLVAVLKGVQCQEQLVESGGGLVQPEGSLTLTCTASGFSFSSNCWRCWVRQAPGKGLEWIACVCAGRSGGTTYYASWAKGRFTISKTSSPTVTLQMTSLTAADTATYFCARAGYDDYGDASFFNLWGPGTLVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	11883 light chain
分子量 formula_weight	14970.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

SFEATMNMRAPTQLLGLLLLWLPGARCAVVLTQTASPVSTPVGGTVTIKCQASQNIYSNLAWYQQKPGQPPKLLIYSASTLASGVPSRFKGSGSGTEYTLTISDLECADAATYYCQRYYYLSGSADNTFGGGTEVVVKRT

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	11886 heavy chain
分子量 formula_weight	15855.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O

RSFEATMETGLRWLLLVAVLKGVQCQSVEESGGRLVTPGTPLTLTCIVSGFSLSNYYMSWVRQVPGKGLEWIGVIGWSGTSSYASWAKGRFTISKTASTTVDLKITSPTTEDTATYFCARVLYIGGGFNYYDAFDPWGPGTLVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	11886 light chain
分子量 formula_weight	15134.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P

RSFEATMNMRAPTQLLGLLLLWLPGARCDVVMTQTPASVSEPVGGTVTIKCQASQSIGSNLAWYQQKPGQPPKLLIYAASTLASGVPSRFKGSGSGTEFTLTISDLECADAATYYCQCTYYDSSYVYNNFGGGTEVVVKRT

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Virion spike glycoprotein GP1
分子量 formula_weight	31256.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U

RSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFT

来源 Source

来源生物 organism	Ebolavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186536
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 6 polymer

描述 description	Virion spike glycoprotein GP2
分子量 formula_weight	15206.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,W,X

AIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDKTLPD

来源 Source

来源生物 organism	Ebolavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186536
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	66500

fit	/app/data/saxs_computation/bo/9bop/9bop.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/9bop/9bop.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/9bop/9bop.dat

;A broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein that can potentiate the breadth and neutralization potency of other anti-glycoprotein antibodies ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)