9bq2

Structure of the flotillin complex in a native membrane environment

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 290.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bq2
沉积日期 deposition_date	2024-05-08
最后修订 last_revision	2024-07-24
结构标题 title	Structure of the flotillin complex in a native membrane environment
关键词 keywords	Flotillin complex, SPFH, membrane interaction, endocytosis, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	108.70 Å
零角强度 I(0) i0	106908000.00
分子量 molecular_weight	87230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109170 Å³
包络体积 envelope_volume	376730 Å³
水化壳体积 shell_volume	32719 Å³
包络直径 envelope_diameter	305.5 Å
壳层 Rg shell_rg	85.04 Å
包络 Rg envelope_rg	98.11 Å
形状 Rg shape_rg	108.60 Å
总 Rg total_rg	108.60 Å
总原子数 total_atoms	12146
残基数 n_residues	824
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	290.7 Å
Rg (实空间) rg_real	107.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	89.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	101500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6132
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.322
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha	11650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.005; Smooth: 0.970

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Flotillin-2
分子量 formula_weight	44572.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12146

MGNCHTVGPNEALVVSGGCCGSDYKQYVFGGWAWAWWCISDTQRLSLEVMTILCRCENIETSEGVPLFVTGVAQVKIMTEKELLAVACEQFLGKNVQDIKNVVLQTLEGHLRSILGTLTVEQIYQDRDQFAKLVREVAAPDVGRMGIEILSFTIKDVYDKVDYLSSLGKTQTAVVQRDADIGVAEAERDAGIREAECKKEMLDVKFMADTKIADSKRAFELQKSAFSEEVNIKTAEAQLAYELQGAREQQKIRQEEIEIEVVQRKKQIAVEAQEILRTDKELIATVRRPAEAEAHRIQQIAEGEKVKQVLLAQAEAEKIRKIGEAEAAVIEAMGKAEAERMKLKAEAYQKYGDAAKMALVLEALPQIAAKIAAPLTKVDEIVVLSGDNSKVTSEVNRLLAEL

Entity 2 polymer

描述 description	Flotillin-1
分子量 formula_weight	46880.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFFTCGPNEAMVVSGFCRSPPVMVAGGRVFVLPCIQQIQRISLNTLTLNVKSEKVYTRHGVPISVTGIAQVKIQGQNKEMLAAACQMFLGKTEAEIAHIALETLEGHQRAIMAHMTVEEIYKDRQKFSEQVFKVASSDLVNMGISVVSYTLKDIHDDQDYLHSLGKARTAQVQKDARIGEAEAKRDAGIREAKAKQEKVSAQYLSEIEMAKAQRDYELKKAAYDIEVNTRRAQADLAYQLQVAKTKQQIEEQRVQVQVVERAQQVAVQEQEIARREKELEARVRKPAEAERYKLERLAEAEKSQLIMQAEAEAASVRMRGEAEAFAIGARARAEAEQMAKKAEAFQLYQEAAQLDMLLEKLPQVAEEISGPLTSANKITLVSSGSGTMGAAKVTGEVLDILTRLPESVERLTGVSISQVNHK

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1436

fit	/app/data/saxs_computation/bq/9bq2/9bq2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bq/9bq2/9bq2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bq/9bq2/9bq2.dat

Structure of the flotillin complex in a native membrane environment

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)