9brv

SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9brv
沉积日期 deposition_date	2024-05-11
结构标题 title	SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 5
关键词 keywords	PLpro, SARS-CoV-2, drug discovery, inhibitor, VIRAL PROTEIN, HYDROLASE; VIRAL PROTEIN, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.15 Å
零角强度 I(0) i0	85192800.00
分子量 molecular_weight	72150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90039 Å³
包络体积 envelope_volume	109530 Å³
水化壳体积 shell_volume	34497 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.99 Å
包络 Rg envelope_rg	26.43 Å
形状 Rg shape_rg	26.09 Å
总 Rg total_rg	27.15 Å
总原子数 total_atoms	5057
残基数 n_residues	636
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	27.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8471
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.281
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.672; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.997

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Papain-like protease nsp3
分子量 formula_weight	36307.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
突变 mutation	C270S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5370

GSHMREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNSYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQSGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[2-(dimethylamino)ethyl]-N'-(3-methylphenyl)thiourea
分子量 formula_weight	237.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	279

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.281 Å
晶胞边长 b length_b	83.281 Å
晶胞边长 c length_c	132.969 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	17.140 Å
R 因子 r_factor	0.1949
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2263

fit	/app/data/saxs_computation/br/9brv/9brv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/br/9brv/9brv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/br/9brv/9brv.dat