9bt4

Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase from Methanosarcina acetivorans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bt4
沉积日期 deposition_date	2024-05-14
结构标题 title	Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase from Methanosarcina acetivorans
关键词 keywords	Oxidoreductase, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.48 Å
零角强度 I(0) i0	671422000.00
分子量 molecular_weight	209120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	260520 Å³
包络体积 envelope_volume	309080 Å³
水化壳体积 shell_volume	68138 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.56 Å
包络 Rg envelope_rg	36.03 Å
形状 Rg shape_rg	35.43 Å
总 Rg total_rg	36.17 Å
总原子数 total_atoms	14558
残基数 n_residues	1894
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	671500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8808
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.249
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	167100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.884

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit alpha
分子量 formula_weight	44348.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	15364

MPLNSADKAKMVVVEGSYAVAHAAKVSRPNVISAYPITPQTHIVEDLSQFMADGEIPNCEYINVESEFSAISALVGASAVGARTYSATTSQGLLLMHEVLFNAAGMRLPIVMTVANRAVSAPINIWNDHQDSIAQRDTGWLQLYAEDVQEAADMVPQIFKIAEDKDVLLPGMACMDGFILSHVYEPVVLLEQDLTDEFLPKYEPEYVLDPKNPLTFGAFADPSTYTEFRYLQEKAMQAALPKIEAVSKEFAEIYGRDHGGLIDGYQLEDAEVVIMAMGSLVGTLKDVVDRYRAKGEKIGILKVRSFRPFPKMQIRKALANANAVVVLDKNISIGTNEGALFTETKACMYNSRCDIPIIGYTLNHGGRDVSVQLVEKIIEETKKVAKSGITVESQFADVKEELL

Entity 2 polymer

描述 description	Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit beta
分子量 formula_weight	31973.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSKPAPKTYLSPGHRGCAGCCDALASKFMLMGAGPDTIVINPTGCLEVMTTPFPESAWQVPWIHSLFENGGAVASGVEAALKALGRKGNTRVIGVGGDGSTMDIGIRSLSGAFERGHDITYVCVDNEAYMNTGIQRSSGTPFDASTTTSPAGKVSFGNPRPKKDMPAIMAAHGSPYVATTSIGFPRDMMRKVKKATEIVGPTYIHSHAPCPTGWGFDGSKTIEIAKLAVETCLWPMYEMENGEITQVRKVKDSRPVEEYLRAQKRFKHLFTMEGGEEEIAKIQAAADWNIKHYGLQ

Entity 3 polymer

描述 description	Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit delta
分子量 formula_weight	9405.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

AVPIGGTCEPGSTLANKTGGWRNFRPVYIYEKCTKCGICQIVCPDMSVLPREDGFFEYNYDYCKGCGICANECPADAIEMILEEK

Entity 4 polymer

描述 description	Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit gamma
分子量 formula_weight	19631.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MKEIRIHGRGGQGSVTAAEMLSVAAFEDGKFSQAFPAFGVERRGAPVQAFTRLSDSPIRLRSQIYTPDYVIVQDATLLETVNVASGIKDDGIIIINTKEKPEDLKLDTKARVMTVDATKVAMDIIGLPIVNTVLLGAFAGATGEINVESIKKAVKDRFSGKVADKNAQAIQKAYELIRGEEA

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	806

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.121 Å
晶胞边长 b length_b	79.121 Å
晶胞边长 c length_c	496.524 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	25.001 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1732
R_free r_free	0.2002

fit	/app/data/saxs_computation/bt/9bt4/9bt4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/9bt4/9bt4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/9bt4/9bt4.dat

Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase from Methanosarcina acetivorans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)