9bt5

The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/Shanghai/02/2013 (H7N9) bound to H7-235 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bt5
沉积日期 deposition_date	2024-05-14
结构标题 title	The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/Shanghai/02/2013 (H7N9) bound to H7-235 Fab
关键词 keywords	antibody, influenza, hemagglutinin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.94 Å
零角强度 I(0) i0	315571000.00
分子量 molecular_weight	140820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174590 Å³
包络体积 envelope_volume	234420 Å³
水化壳体积 shell_volume	51980 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.55 Å
包络 Rg envelope_rg	35.80 Å
形状 Rg shape_rg	36.94 Å
总 Rg total_rg	37.40 Å
总原子数 total_atoms	9957
残基数 n_residues	1306
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	315600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9073
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.054
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	23716.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10131

KRTVDLGQCGLLGTITGPPQCDQFLEFSADLIIERREGSDVCYPGKFVNEEALRQILRESGGIDKEAMGFTYSGIRTNGATSACRRSGSSFYAEMKWLLSNTDNAAFPQMTKSYKNTRKSPALIVWGIHHSVSTAEQTKLYGSGNKLVTVGSSNYQQSFVPSPGARPQVNGLSGRIDFHWLMLNPNDTVTFSFNGAFIAPDRASFLRGKSMGIQSGV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1332244
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Monoclonal antibody H7-235 heavy chain
分子量 formula_weight	24698.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

QVQLVESGGGVVQPGESLRLSCAASGFAFRTYGMHWVRQAPGKGLEWVGVIWYDGSNKYYGDSVKGRFTISRDNSQNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARNGERWRVEDYYYGMDVWGQGTLVTVSSASFKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Monoclonal antibody H7-235 light chain
分子量 formula_weight	23975.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

EIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNAHNYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSNRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGIYYCMQALQTPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	240.603 Å
晶胞边长 b length_b	95.053 Å
晶胞边长 c length_c	99.265 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.370 Å
R 因子 r_factor	0.1979
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/bt/9bt5/9bt5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/9bt5/9bt5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/9bt5/9bt5.dat

The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/Shanghai/02/2013 (H7N9) bound to H7-235 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)