9bup

Single particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in non-rotated PRE state (nrt A-P-E)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 230.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9bup

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9bup
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9bup
沉积日期 deposition_date2024-05-17
结构标题 titleSingle particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in non-rotated PRE state (nrt A-P-E)
关键词 keywordsribosome, malaria, cryoEM, single particle, Plasmodium falciparum, translation; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier89.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron91.23
零角强度 I(0) i0237385000000.00
分子量 molecular_weight2900500.0 kDa
排除体积 excluded_volume3109900 ų
包络体积 envelope_volume5134400 ų
水化壳体积 shell_volume423640 ų
包络直径 envelope_diameter292.4
壳层 Rg shell_rg107.50
包络 Rg envelope_rg90.80
形状 Rg shape_rg91.32
总 Rg total_rg91.09
总原子数 total_atoms196488
残基数 n_residues15657
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax230.2
Rg (实空间) rg_real87.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.2760e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8900e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal90.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal238500000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9097
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary108.3
偏度 Skewness skewness0.122
峰度 Kurtosis kurtosis-0.609
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8850
最高正则化参数 α highest_alpha18260000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.949; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (82)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)