9bw1

TnsABCD-DNA transpososome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 227.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bw1
沉积日期 deposition_date	2024-05-20
结构标题 title	TnsABCD-DNA transpososome
关键词 keywords	Tn7-like transposon, type I-B2 CAST, DNA binding protein, transpososome, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.82 Å
零角强度 I(0) i0	7440270000.00
分子量 molecular_weight	675680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	822930 Å³
包络体积 envelope_volume	1261600 Å³
水化壳体积 shell_volume	155430 Å³
包络直径 envelope_diameter	270.8 Å
壳层 Rg shell_rg	68.85 Å
包络 Rg envelope_rg	66.63 Å
形状 Rg shape_rg	67.78 Å
总 Rg total_rg	67.98 Å
总原子数 total_atoms	47276
残基数 n_residues	5404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	227.2 Å
Rg (实空间) rg_real	68.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5820e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7429000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8566
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	79.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.493
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.077
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0253
最高正则化参数 α highest_alpha	587700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.552

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	LE_polyA
分子量 formula_weight	26308.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	47283

AAAAAAAAAAAAAAATGTGACTTTACCCATAACTTTGCCGCAACGGCAAGCTTATGCTTCCAATAAAGGGTGGCAAGGTTATGGT

Entity 2 polymer

描述 description	RE_target
分子量 formula_weight	61828.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	4

TCACGGCAAGCTTATCCTTCCAATTTGGACTAGCGGCAAAGTTATGGTTCCAAACTGTCAATTTCATCCAAAATTAGCTGACGCAAGAATGAGGGTTGTAGTGTTGTTGACGGCAAAGTTATGGTTCCAGTAACGGCAAAGTTATGGGTAAAGTCACACTACGTCTTTAATGGGCAGCGCCCACATACGCAGCGATTTCC

Entity 3 polymer

描述 description	RE_polyA
分子量 formula_weight	53267.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	5

AAAAAAAAAAAAAAATGTGACTTTACCCATAACTTTGCCGTTACTGGAACCATAACTTTGCCGTCAACAACACTACAACCCTCATTCTTGCGTCAGCTAATTTTGGATGAAATTGACAGTTTGGAACCATAACTTTGCCGCTAGTCCAAATTGGAAGGATAAGCTTGCCGTGA

Entity 4 polymer

描述 description	Target_downstream
分子量 formula_weight	11471.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	6

GGAAATCGCTGCGTATGTGGGCGCTGCCCATTAAAGA

Entity 5 polymer

描述 description	Target_val
分子量 formula_weight	21278.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CCTTACAAGCAGGATGTCATCAGTTCGAGTCTGGTACTGCCCAGTAGTGATCTTATTTCATTATGGTGA

Entity 6 polymer

描述 description	tRNA_LE_LUEGO
分子量 formula_weight	48725.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ACCATAACCTTGCCACCCTTTATTGGAAGCATAAGCTTGCCGTTGCGGCAAAGTTATGGGTAAAGTCACACGTAGTCACCATAATGAAATAAGATCACTACTGGGCAGTACCAGACTCGAACTGATGACATCCTGCTTGTAAGGCCAGACCAGGGCAC

Entity 7 polymer

描述 description	TnsD
分子量 formula_weight	52821.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MLASVLETYESWNLKKPLIPQRSRLYQPQPVGIGTPYIESLTGYITRIAELHGVLPGVLMTREIAPLVNKIYFQNGANRGFREIFNRSQALNGMGEMAADLVQVLQKLTLRDDLRFLTMLFWSNILTPRNLFRTRKAWCPICYQERHQNGLVVYEQLLWTINLITICPQHQKPLVELCPHCNHESPLLNWRSRPGYCSKCGEWLGANQCLKTFTDGEGSIKLQLEWQYWTANVVGELILASQCFESAPSKENITKSLNIVIDKVAENNAAAFSRLIGVPKNSLWMWQSTKTLPELNTLLKICYELEISLVEFLTPKNLITKSFTKISQKHLQLSRTPRVSPKSFDQYQVKDALLAILAGNEEPPPTMEEVGKRLGHHNRTISRHFPDLCSAISAKCRNYNKACRLKSIEKLCSEVREIVLSLNAQGVYPTEGRVCELMPNPGCFRYKQVRAAFNDARREFGL

来源 Source

来源生物 organism	Peltigera membranacea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	161997
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	103015.5 kDa
突变 mutation	E62A, D519A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,a,b,c,d

MKEQFEQWVARLQISEAGQKIIEKVRSSEPSRRVGGGSKNVSGRYPSRKMGVTIQFESHRVALPIIYQLEHDKDVLEFYDQPPQIKLDYQASNGRRLGVLHTPDLFVIRTNSAGWEECKTEQDLKKLAEKNPNRYFYSEENNQWHSLPGEVYANQFGLYHRIHSDREINWVLQRNLQFLEDYYRSESLVVEEAIAQSLLAIVSSQPGITLAELLNRSTGAKSDDIYTLIIQEQIYIDLNATPLAEPERCLIFRDEQTASAYRLMVEQPSVSLPAISPVVNIVTGATVSWDGKGLNIIHVGETEVILGAENNQLIELKKAIFENLVRQGKITSLQTPEKTAISTESWQRFHQASPEDQAEALERYKTIEPYLNGHPPENETIPARTIRHWKAKYLIAIQKYGCGYIGLLSHRSVKGNRQRKLPEDTLAIMEKFILEDYETLKQKRMWEVHAALVRACEEAGVIAPSYKAFTKEVQRRTGYEQTKKRQGRRAAYQHESFYWELAITTPRHGDRPFEIGHIAHTELDVELVCSDTGRNLGRPWATFLVDAYSRRLLAVYLTFDSPSYRSCLMVLRICVKRHGRLPQIVVVDNGAEFHSVYFETLLATFECTKKQRPPAKARFGSVCERLFGTSNTQFVHNLLGNTQITRNVRQVTKSVNPKNLAVWTLGLLYEYLCAWAYEVYDTDEHPALFQSPRDAFAAGMAIGGSRVHRMIPYDENFQILTLPTTSEGKAKVQVGRGIKINYIYYWSNSFRDPQIENTSVQIRYDPFNIGIAYAFVRGQWVQCISQYYAELQGRSEKELKLASIELRKHYSNHTQQSKVSAKNLAEFLASVEAQEALLEQRSYDAEVKEVFRVIEGGKATTSRNEEPKLIQVTFANTDFQADEDEAIVPETLVVYEEF

来源 Source

来源生物 organism	Peltigera membranacea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	161997
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	TnsC
分子量 formula_weight	43521.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T,U,V,W,x,y

MTKSTGFPLELLTRPATERLAYFENYTVAHPRLKEVYEILMRTIAEPAGASFIFVYGASGVGKTTLRLRVEQKLTELALPKLESDRARVPVVGIEAIAPESRYFNWKEYYTRALITLEEPLIDHKFDYGVRGISRDNFGKINVESKVVAPALRRALENALIHRHPDVFFVDEAQHFGKVASGYKLQDQLDCLKSLANMTGILHCLLGTYELLTFRNLSGQLSRRSVDIHFRRYCADSPEDVQAFKSVLLTFQQHLPLAETPNLVDHWEYFYERTLGCIGTLKDWLKRVLSDALDREATTITLKDLQKRALSVAQCQKMFKEIQEGERQLSETEADVQNLRSALGLGAKPIVLPEETPKTTRPPGKVGKRKPKRDPIGVQQDVS

来源 Source

来源生物 organism	Peltigera membranacea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	161997
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	38326

fit	/app/data/saxs_computation/bw/9bw1/9bw1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/9bw1/9bw1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/9bw1/9bw1.dat

TnsABCD-DNA transpososome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)