9byk

Cryo-EM structure of ATP synthase E state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 202.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9byk
沉积日期 deposition_date	2024-05-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of ATP synthase E state
关键词 keywords	heart, ATP synthase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.70 Å
零角强度 I(0) i0	3805320000.00
分子量 molecular_weight	529660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	667640 Å³
包络体积 envelope_volume	991130 Å³
水化壳体积 shell_volume	129280 Å³
包络直径 envelope_diameter	233.7 Å
壳层 Rg shell_rg	63.16 Å
包络 Rg envelope_rg	65.74 Å
形状 Rg shape_rg	64.72 Å
总 Rg total_rg	64.63 Å
总原子数 total_atoms	37263
残基数 n_residues	5028
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.4 Å
Rg (实空间) rg_real	63.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3797000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5710
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.574
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.330
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0032
最高正则化参数 α highest_alpha	433900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.004; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.086

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase protein 8
分子量 formula_weight	7954.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8
原子数 atom_count	37263

MPQLDTSTWFITITSMIMTLFILFQLKISNYSYPASPESIELKTQKHSTPWEMKWTKIYLPLLLPPR

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	59546.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B

MISGPLKIMTADLLKGMVSKNALGSSFVAARNLHASNTRLQKTTTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDKLIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKTRRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGTDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYAPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVISQHQALLGKIRADGKISEETDAKLKEIVTNFLAGFEA

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	60893.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MLRVISSKMIQRTCLLQSRPRPQLRGVGGQTAAALSLYPGSAMLGFVGRVASASASGALRGLSPSAPLPQAQLLLRAAPAALQPARDYATQPSPSPKAGAATGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDSGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAAIHAEAPEFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHLGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEHS

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma
分子量 formula_weight	30252.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERDLKPARVYGIGSLALYEKADIKVPEDKKKHLIIGVSSDRGLCGAIHSSVAKQIKSEVANLTAAGKEVKIVGVGDKIRGILHRTHSDQFLVTFKEVGRKPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSIIFNRFRSVISYKTEEKPIFSLDTVASAESMSIYDDIDADVLRNYQEYSLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAAL

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase F1 subunit delta
分子量 formula_weight	17489.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MLPATLLRRSGLGRVVRQARAYAEAAAAPASAAGPGQMSFTFASPTQVFFNGANVRQVDVPTQTGAFGILASHVPTLQVLRPGLVVVHAEDGTTSKYFVSSGSVTVNADSSVQLLAEEAVTLDMLDPGVAKANLEKAQSELLGAADEASRAEIQIRIEANEALVKALE

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase F1 subunit epsilon
分子量 formula_weight	14774.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

FPFNNCREQTNSLNCLGLQAAPRWTGAEGLRPLLPGLSLGTHPGLSRTSAACHGVGSPRPSWAARSEPTLTGPRDSTRRAHSSDIMVAYWRQAGLSYIRYSQICAKAVRDALKAEFKANAEKTSGSNVKIVKVKKE

Entity 7 polymer

描述 description	ATPase inhibitor, mitochondrial
分子量 formula_weight	12209.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MAATALAVRSRIGAWSVWAMQSRGFSSDTPEGVRSGAGAVRDAGGAFGKKEQADEERYFRARAREQLAALKKHHENEISHHVKEIERLQKEIERHKQSIKKLKNDDDD

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase lipid-binding protein
分子量 formula_weight	14596.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P,Q,R

MFACTKLACTPALIRAGSRVAYRPISASVLSRPEARPGEGSTVFNGAQNGVSQPIQREFQTSAVSRDIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM

Entity 9 polymer

描述 description	ATP synthase subunit O, mitochondrial
分子量 formula_weight	23416.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MASQAVSGLSRQVRCFSTSVVRPFAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVAQILKEPKVAASIMNPYVKRSIKVKSLSDMTAKEKFSPLTSNLINLLAENGRLSSTPGVISAFSTMMSVHRGEVPCSVTTASPLDEATLTELKTVLKSFLSKGQILKLEVKVDPSIMGGMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIF

Entity 10 polymer

描述 description	ATP synthase subunit
分子量 formula_weight	11329.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MAQFVRNLAEKAPVLVNAAVTYSKPRLATFWHYAKVELVPPTPAEIPTAIQSLKKIVNSAQTGSFKQLTVKEALLNGLVATEVLMWFYVGEIIARAQHGIPTI

Entity 11 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	25054.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MNENLFASFIAPTMMGLPIVTLIIMFPSLLFPTPKRLINNRTISIQQWLIQLTSKQMMAIHNQKGQTWSLMLMSLIMFIGSTNILGLLPHSFTPTTQLSMNLGMAIPLWSATVFTGFRYKTKTSLAHFLPQGTPALLIPMLVIIETISLFIQPVALAVRLTANITAGHLLIHLIGGATLALLNINTMTAFITFTILILLTILEFAVALIQAYVFTLLVSLYLHDNT

Entity 12 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	27166.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

ICIIATYRVLQATRIFHTGQPSLAPVPPLPEHGGKVRLGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYLLSKEIYVITAETFSAISTIGVLVYIVKKYGASIGAFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDLEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYKEIKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMIRWVEKHVVQSISAQQEKETIAKCIADLKLLAKKAQAQPVL

Entity 13 polymer

描述 description	ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	8943.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

NKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEAVEKPQS

Entity 14 polymer

描述 description	ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子量 formula_weight	19185.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

FHDLKMAGRKLALKAIDWVAFGEIIPRNQKAIANSLKSWNETLSTRLAALPEKPPAIDWAYYKATVAKAGLVDDFEKKFNALKVPVPEDKYTALVDAEEQEDVKRCAEFLSLSKARIEAYEKELEKMKNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIESL

Entity 15 polymer

描述 description	ATP synthase subunit e, mitochondrial
分子量 formula_weight	8246.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MVPPVQVSPLIKLGRYSALFLGVAYGAKRYNYLKPRAEEERRIAAEEKKKQDELKRIERELAEAQEDSILK

Entity 16 polymer

描述 description	ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial
分子量 formula_weight	6433.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MAGPETDAQFQFTGIKKYFNSYTLTGRMNCVLATYGGIALLVLYFKLRSKKTPAVKAT

Entity 17 polymer

描述 description	unkown protein
分子量 formula_weight	2230.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 18 polymer

描述 description	ATP synthase subunit f, mitochondrial
分子量 formula_weight	10329.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MASVVPLKDRRLLEVKLGELPSWILMRDFTPSGIAGAFQRGYYRYYNKYVNVKKGSVAGLSMVLAAYVVFNYCRSYKELKHERLRKYH

Entity 19 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 20 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 21 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	37533

fit	/app/data/saxs_computation/by/9byk/9byk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/9byk/9byk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/9byk/9byk.dat

Cryo-EM structure of ATP synthase E state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)