SAXSdb — 9byr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9byr
沉积日期 deposition_date	2024-05-24
结构标题 title	Filamentous Epstein-Barr virus annealase BALF2 ssDNA-annealing complex
关键词 keywords	Recombinase, annealase, SSB, Filament, Homologous Recombination, RECOMBINATION, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	176.30 Å
零角强度 I(0) i0	93663300000.00
分子量 molecular_weight	2571000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	3193600 Å³
包络体积 envelope_volume	6325000 Å³
水化壳体积 shell_volume	345130 Å³
包络直径 envelope_diameter	634.8 Å
壳层 Rg shell_rg	112.20 Å
包络 Rg envelope_rg	173.40 Å
形状 Rg shape_rg	176.30 Å
总 Rg total_rg	176.10 Å
总原子数 total_atoms	180477
残基数 n_residues	22880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	488.5 Å
Rg (实空间) rg_real	160.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9370e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4500e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	114.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77550000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8692
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	108.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.854
角度范围 angular_range	— – 0.0450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.3210
最高正则化参数 α highest_alpha	811300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	10
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.338; Oscil: 0.785; Stabil: 0.986; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.002

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Major DNA-binding protein
分子量 formula_weight	123247.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,M,L,O,K,P,J,Q,I,R,H,S,G,T,F,U,E,V,D,W,C,X,B,A
原子数 atom_count	180785

MQGAQTSEDNLGSQSQPGPCGYIYFYPLATYPLREVATLGTGYAGHRCLTVPLLCGITVEPGFSINVKALHRRPDPNCGLLRATSYHRDIYVFHNAHMVPPIFEGPGLEALCGETREVFGYDAYSALPRESSKPGDFFPEGLDPSAYLGAVAITEAFKERLYSGNLVAIPSLKQEVAVGQSASVRVPLYDKEVFPEGVPQLRQFYNSDLSRCMHEALYTGLAQALRVRRVGKLVELLEKQSLQDQAKVAKVAPLKEFPASTISHPDSGALMIVDSAACELAVSYAPAMLEASHETPASLNYDSWPLFADCEGPEARVAALHRYNASLAPHVSTQIFATNSVLYVSGVSKSTGQGKESLFNSFYMTHGLGTLQEGTWDPCRRPCFSGWGGPDVTGTNGPGNYAVEHLVYAASFSPNLLARYAYYLQFCQGQKSSLTPVPETGSYVAGAAASPMCSLCEGRAPAVCLNTLFFRLRDRFPPVMSTQRRDPYVISGASGSYNETDFLGNFLNFIDKEDDGQRPDDEPRYTYWQLNQNLLERLSRLGIDAEGKLEKEPHGPRDFVKMFKDVDAAVDAEVVQFMNSMAKNNITYKDLVKSCYHVMQYSCNPFAQPACPIFTQLFYRSLLTILQDISLPICMCYENDNPGLGQSPPEWLKGHYQTLCTNFRSLAIDKGVLTAKEAKVVHGEPTCDLPDLDAALQGRVYGRRLPVRMSKVLMLCPRNIKIKNRVVFTGENAALQNSFIKSTTRRENYIINGPYMKFLNTYHKTLFPDTKLSSLYLWHNFSRRRSVPVPSGASAEEYSDLALFVDGGSRAHEESNVIDVVPGNLVTYAKQRLNNAILKACGQTQFYISLIQGLVPRTQSVPARDYPHVLGTRAVESAAAYAEATSSLTATTVVCAATDCLSQVCKARPVVTLPVTINKYTGVNGNNQIFQAGNLGYFMGRGVDRNLLQAPGAGLRKQAGGSSMRKKFVFATPTLGLTVKRRTQAATTYEIENIRAGLEAIISQKQEEDCVFDVVCNLVDAMGEACASLTRDDAEYLLGRFSVLADSVLETLATIASSGIEWTAEAARDFLEGVWGGPGAAQDNFISVAEPVSTASQASAGLLLGGGGQGSGGRRKRRLATVLPGLEV

来源 Source

来源生物 organism	human gammaherpesvirus 4
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	DNA(5'-D(GPCPAPGPAPAPTPCPGPCPCPC)-3')
分子量 formula_weight	3632.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x

GCAGAATCGCCC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA(5'-D(APGPCPTPCPGPAPTPTPTPTPT)-3')
分子量 formula_weight	3643.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	l,k,j,i,h,g,f,e,d,c,b

AGCTCGATTTTT

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	7.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	278657

fit	/app/data/saxs_computation/by/9byr/9byr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/9byr/9byr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/9byr/9byr.dat

Filamentous Epstein-Barr virus annealase BALF2 ssDNA-annealing complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)