9c0b

E.coli GroEL + PBZ1587 inhibitor

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 197.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c0b
沉积日期 deposition_date	2024-05-25
结构标题 title	E.coli GroEL + PBZ1587 inhibitor
关键词 keywords	GroEL, Inhibitor, Chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.93 Å
零角强度 I(0) i0	8504630000.00
分子量 molecular_weight	775750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	971290 Å³
包络体积 envelope_volume	1575800 Å³
水化壳体积 shell_volume	195600 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.2 Å
壳层 Rg shell_rg	75.66 Å
包络 Rg envelope_rg	60.02 Å
形状 Rg shape_rg	63.95 Å
总 Rg total_rg	64.02 Å
总原子数 total_atoms	54229
残基数 n_residues	7336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.0 Å
Rg (实空间) rg_real	64.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4840e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8525000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	90.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.104
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.532
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	4838000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	60 kDa chaperonin
分子量 formula_weight	57391.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,O,I,P,J,Q,K,R,L,S,M,T,N,U
原子数 atom_count	54229

MAAKDVKFGNDARVKMLRGVNVLADAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPTITKDGVSVAREIELEDKFENMGAQMVKEVASKANDAAGDGTTTATVLAQAIITEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAAVEELKALSVPCSDSKAIAQVGTISANSDETVGKLIAEAMDKVGKEGVITVEDGTGLQDELDVVEGMQFDRGYLSPYFINKPETGAVELESPFILLADKKISNIREMLPVLEAVAKAGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNTMRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIATLTGGTVISEEIGMELEKATLEDLGQAKRVVINKDTTTIIDGVGEEAAIQGRVAQIRQQIEEATSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKARVEDALHATRAAVEEGVVAGGGVALIRVASKLADLRGQNEDQNVGIKVALRAMEAPLRQIVLNCGEEPSVVANTVKGGDGNYGYNAATEEYGNMIDMGILDPTKVTRSALQYAASVAGLMITTECMVTDLPKNDAADLGAAGGMGGMGGMGGMM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(2-{4-[4-(aminomethyl)benzene-1-sulfonamido]phenyl}-1,3-benzoxazol-5-yl)-5-chlorothiophene-2-sulfonamide
分子量 formula_weight	575.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.26 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	20659

fit	/app/data/saxs_computation/c0/9c0b/9c0b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c0/9c0b/9c0b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c0/9c0b/9c0b.dat