9c0f

piggyBat transposase protein-DNA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 131.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c0f
沉积日期 deposition_date	2024-05-25
最后修订 last_revision	2025-01-29
结构标题 title	piggyBat transposase protein-DNA complex
关键词 keywords	transposase, piggyBat, piggyBac-like element, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.63 Å
零角强度 I(0) i0	344649000.00
分子量 molecular_weight	136760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165500 Å³
包络体积 envelope_volume	231240 Å³
水化壳体积 shell_volume	53017 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.98 Å
包络 Rg envelope_rg	37.32 Å
形状 Rg shape_rg	37.53 Å
总 Rg total_rg	38.20 Å
总原子数 total_atoms	9507
残基数 n_residues	1040
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	344600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8569
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.461
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.069
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.668

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (35-MER)
分子量 formula_weight	10869.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9507

CACTTGGATTGCGGGAAACGAGTTAAGTCGGCTCG

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (35-MER)
分子量 formula_weight	10668.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CGAGCCGACTTAACTCGTTTCCCGCAATCCAAGTG

Entity 3 polymer

描述 description	piggyBat transposase
分子量 formula_weight	67609.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GGGGSGMAQHSDYSDDEFCADKLSNYSCDSDLENASTSDEDSSDDEVMVRPRTLRRRRISSSSSDSESDIEGGREEWSHVDNPPVLEDFLGHQGLNTDAVINNIEDAVKLFIGDDFFEFLVEESNRYYNQNRNNFKLSKKSLKWKDITPQEMKKFLGLIVLMGQVRKDRRDDYWTTEPWTETPYFGKTMTRDRFRQIWKAWHFNNNADIVNESDRLCKVRPVLDYFVPKFINIYKPHQQLSLDEGIVPWRGRLFFRVYNAGKIVKYGILVRLLCESDTGYICNMEIYCGEGKRLLETIQTVVSPYTDSWYHIYMDNYYNSVANCEALMKNKFRICGTIRKNRGIPKDFQTISLKKGETKFIRKNDILLQVWQSKKPVYLISSIHSAEMEESQNIDRTSKKKIVKPNALIDYNKHMKGVDRADQYLSYYSILRRTVKWTKRLAMYMINCALFNSYAVYKSVRQRKMGFKMFLKQTAIHWLTDDIPEDMDIVPDLQPVPSTSGMRAKPPTSDPPCRLSMDMRKHTLQAIVGSGKKKNILRRCRVCSVHKLRSETRYMCKFCNIPLHKGACFEKYHTLKNY

来源 Source

来源生物 organism	Myotis lucifugus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59463
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	162244

fit	/app/data/saxs_computation/c0/9c0f/9c0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c0/9c0f/9c0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c0/9c0f/9c0f.dat

piggyBat transposase protein-DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)