SAXSdb — 9c1n

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c1n
沉积日期 deposition_date	2024-05-29
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	HerA-DUF4297 assembly 2
关键词 keywords	anti-phage, nuclease, ATPase, 18-mer, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.75 Å
零角强度 I(0) i0	13146600000.00
分子量 molecular_weight	1011800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1281300 Å³
包络体积 envelope_volume	2152200 Å³
水化壳体积 shell_volume	225830 Å³
包络直径 envelope_diameter	266.4 Å
壳层 Rg shell_rg	79.62 Å
包络 Rg envelope_rg	77.29 Å
形状 Rg shape_rg	78.76 Å
总 Rg total_rg	78.71 Å
总原子数 total_atoms	71366
残基数 n_residues	8691
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	278.0 Å
Rg (实空间) rg_real	82.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3140e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1110e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13160000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	97.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	0.108
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1240
最高正则化参数 α highest_alpha	1109000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 0.892; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.501

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	DUF4297 domain-containing protein
分子量 formula_weight	51330.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	71366

MMSREADHTIKGFLYQFNKTLNSILSSTDQDEIQIEGIIEDIDIKNSNITNAIQCKYHESKVRHNLSDIYKPILQMLLHFLENDSLNIKYALYAYFPNEQVGVKEVTKSQIEEILSSSNFDYISKYISKIKPPKEQIIKELLGKTSKTTEDKTRIKKYYETSKLETIVDIDKFLRDHFVFEIGLSYEELMNETKNLLMKEGFSLEDVKDLFYPNSIQYIAELSILPEAEKRISSKNKLIDYLKGNKKTAMSRWTSEVLTRKQLLKVRKNQLVPSLNINSRSRYFIIDPDTIDNFDDEFILFVKDYLDKYNSKIKLHTETPCFILKTDVNNLSEYHKRFVSRNIQIITGYIGDTFYFKEFNKEPKRIIKDNWVEFKARISCNSDEVIKCINYKKCDDLYIVGGVDVSLLDTADVNIENLEINNFRELKYLLSMLKEI

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. HMF5848
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2495421
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ATP-binding protein
分子量 formula_weight	67182.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

MKIGSVIESSPHSILVKIDTLKIFEKAKSALQIGKYLKIQEGNHNFVLCVIQNIKISTDKDEDIFILTVQPVGIFKGEEFFQGNSMLPSPTEPVFLVEDDILNKIFSNEKTKIFHLGNLAQNEEVSFTLDGDKFFSKHVAVVGSTGSGKSCAVAKILQNVVGINDARNINKSDKKNSHIIIFDIHSEYKSAFEIDKNEDFNLNYLDVEKLKLPYWLMNSEELETLFIESNEQNSHNQVSQFKRAVVLNKEKYNPEFKKITYDSPVYFNINEVFNYIYNLNEEVINKIEGEPSLPKLSNGELVENRQIYFNEKLEFTSSNTSKATKASNGPFNGEFNRFLSRFETKLTDKRLEFLLLNQDVEENSKYRTEHFEDILKQFMGYLDRSNVSIIDLSGIPFEVLSITISLISRLIFDFAFHYSKLQHQKDELNDIPFMIVCEEAHNYIPRTGGIEFKAAKKSIERIAKEGRKYGLSLMVVSQRPSEVSDTILSQCNNFINLRLTNINDQNYIKNLLPDNSRSISEILPTLGAGECLVVGDSTPIPSIVKLELPNPEPRSQSIKFHKKWSESWRTPSFEEVIMRWRKENG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. HMF5848
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2495421
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.76 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	530769

fit	/app/data/saxs_computation/c1/9c1n/9c1n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c1/9c1n/9c1n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c1/9c1n/9c1n.dat

HerA-DUF4297 assembly 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)