9c2d

Bacteriophage Sf14 Capsid Icosahedral reconstruction

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 272.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c2d
沉积日期 deposition_date	2024-05-30
结构标题 title	Bacteriophage Sf14 Capsid Icosahedral reconstruction
关键词 keywords	Sf14, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.12 Å
零角强度 I(0) i0	3421420000.00
分子量 molecular_weight	500700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	628280 Å³
包络体积 envelope_volume	943150 Å³
水化壳体积 shell_volume	107910 Å³
包络直径 envelope_diameter	262.5 Å
壳层 Rg shell_rg	66.76 Å
包络 Rg envelope_rg	74.29 Å
形状 Rg shape_rg	73.12 Å
总 Rg total_rg	73.04 Å
总原子数 total_atoms	35316
残基数 n_residues	4511
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	272.0 Å
Rg (实空间) rg_real	73.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	4.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3414000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8576
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.521
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	119600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.815

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	41596.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	35316

MLTNSEKSRFFLADLTGEVQSIPNTYGYISGLGLFRSAPQTQTTFLMDLTDWDISLLDAVDRTSRKAETSAPERVRQISFPMMYFKEVESITPDEIQGVRQPGTANELTTEAVVRAKKLMKIRTKFDITREFLFMQALKGKVIDANGVLYADLYKQFDVTKKTIYFDLDNPNSDIDAHIEDLRMHMEDEAKTGTVINGEEIHIVVDRTFFSKLIKHPKIRDAYLAQQTPLAWQQITGSLRTGGTDGVQAHMNRFYYGGVVFVQYNGKFKDKRGKTHTLVSIDGVSDTNVGVGHAFPNVAMLGEANNIFEVAYAPCPKMGYANTLGQELYVFEYEKDRDEGIDFEAHSYMLPYCTRPQLLVDVRSDAE

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 2 polymer

描述 description	Structural protein
分子量 formula_weight	13574.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M,N,O,P,Q,R

MAYQGFTKLGEREPLNDIILWEEITPTGHSRKEYAPVASTEYRVGEVLKADGSKVAAGQEAQADSVCIVNFYADLQLSYHGQLKVVGIYRDAELKDLLKLESGVDAAAVKSALKAKGIDFVPTGL

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 3 polymer

描述 description	Tail protein
分子量 formula_weight	39336.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIKAKTYPDFKEFVKDFVANVKAGKRYDFRKYQEAVLPLTYSSPWPESDIPEVTDFNYTPDYTVPFSEELLYSVGAQMRTADFFMDLQYAIINGKDVDTVYCEWLARVKPFSMLNAKLKDSAQPPVITTQPTGGAVNEGSAINLSIVATNATSYQWKKGSSDISGATSATYTKAGAVPADAGSYTCVVTNDVGSTTSDAAVITINPLPVITTQPTSKAVNESSTLTLSVVATGATSYQWKKNGTNISGATSATYSKANAKTTDAGSYTCVVTNAVGSVTSNAATVTINPLPVITVQPQDQDLTVGQTLTISITATGATGYQWRKGNSNISGATSATYTKASVTTADDGNYDCVVTNAVGSVTSHQAKVQVTA

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42269

fit	/app/data/saxs_computation/c2/9c2d/9c2d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c2/9c2d/9c2d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c2/9c2d/9c2d.dat

Bacteriophage Sf14 Capsid Icosahedral reconstruction

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)