9c39

Bacteriophage Sf14 neck C6 reconstruction

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 226.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c39
沉积日期 deposition_date	2024-05-31
结构标题 title	Bacteriophage Sf14 neck C6 reconstruction
关键词 keywords	Sf14, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	84.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.43 Å
零角强度 I(0) i0	1376610000.00
分子量 molecular_weight	313420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	392640 Å³
包络体积 envelope_volume	743300 Å³
水化壳体积 shell_volume	84778 Å³
包络直径 envelope_diameter	312.1 Å
壳层 Rg shell_rg	60.15 Å
包络 Rg envelope_rg	83.76 Å
形状 Rg shape_rg	86.48 Å
总 Rg total_rg	85.70 Å
总原子数 total_atoms	22110
残基数 n_residues	2953
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	226.8 Å
Rg (实空间) rg_real	78.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1355000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9011
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.696
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1401
最高正则化参数 α highest_alpha	32470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.886; Stabil: 0.905; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.542

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	55291.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	22110

MADITETQESLPPFRMGEVGSLGLKVRSGRIYEEPRQALRFPESIKTFQLMMRDPSVAASVNIIKMFVRKVNWRFVPPKGKEKDAKMIERANFFNSLMNDMEHDWADFINSVMSFCTYGFCVNEKVYKKRQGKKGKYPSKYNDGLIGWAKLPIRNQTTLDKWYFDSDYRKVIGVRQNLRNVSHTAGAINLGEQPLTRKLPRSKFLLFKYDDEYGNPEGRSPLLNAYVPWKYKVQIEEFEAVGVSRDLVGMPKIGLPPDYLGEDAEPEKKAFVKYCQEVVNDLIANDRAGLIWPRFIDPETKEDIFEFSLVSRQGAKAYDTGSIIDRYSKQIMMAFMSDVLAMGQSKYGSFSLADSKTSLLAMSVDILLKQIKNVINRDLVAQTYALNMWDDEEHVEIVYDDIETPDIESIGSYVQKTVAVGAMEVDKALSDKLREHIGLEPADESKPVSENLSPNTQSRSGDGYQTAGEGTAKTPSAKDPSTANKANK

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 2 polymer

描述 description	Phage protein
分子量 formula_weight	17058.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MCYTGDPANNPLDRVRILCTDTDNNEILIDQSVLEWFYQESGKDEKKAAIKALKYLLFQVAKMGDEKVGGVYLRNSSRFKSLKAVYDDLVKSSVSGLPYAGGINQCDIDMRRQNPCSVKKYTEYGDAVRYYGRDYCERVNGVFIIERDE

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 3 polymer

描述 description	Head-closure protein
分子量 formula_weight	15467.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRLLNRHSFVVKRKVSEDGHYNEDGDWVASQDVVSINCKGNIQPYIKGSVKNGTQIVLPEGIRLTDTRILFTVAELRTSDDVDWTEADIVMIKGHEYEVFMTMDWSEQLAHTSHYEYIIIRRDKMNAVRNSRT

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 4 polymer

描述 description	gp119
分子量 formula_weight	22314.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MQLETAELEKGIVRVLVDVIGHRLARDKNNRPNVIRAYPSDNSNDKGLKPDQPFITVYCQDATTPYGWVLDKFVEDDAVCYRIAFQIPVLITVNGKGAHSIMLELKQRLEMSTTRDYLADMTGASVLDTGAIPNDYTYLNTDFENSAPLVVTLVKNSVLKDERGSIIERVIVDGELVYEEGQEPPEYTIHLDVDSKGVK

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 5 polymer

描述 description	gp40
分子量 formula_weight	16204.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAMYQQYSPKDVVCSWNGIAIEGFAPDSFLRLQRTSPLVTPVVGAGGQVALTRNADKTGTIEIELMQTSLSNQMLSAIQAKQDDMELEEDISSNFVIYDPSGSVLATGINAWLQELPQIELGRDQNSKTWIFGCEKLDYTSTIPASSV

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 6 polymer

描述 description	Putative structural protein
分子量 formula_weight	48834.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MWNPIVNVDITLNTAGTTREGFGLPLFLASTDNFEERIRGYTSLTEVAEDFDESTAAYKAAKQLWSQTPKVTQLYIGRRTMQYTVSIPDTVAEGSEYSLTVAIGGGVSQPFQYTAKENDTALIVLNEFKSQIEASPTIKDGVNASVTGTGASATMIITKAGDNDFVKVTSITPTTSIAATTADTASAALASIETYSTDWYFISAEDRTQQFVLAMASEIQARKKIFFTANADVKALQGTDLTSATDVPAQLAKSKYTRTVCLWHHTAEFDYPEMAYIAYGAPYDAGSIAWGNAQLTGVAASLQPANQRPLISIQKSALDTRSCNFIDLDGGVPVVRRGITSGGEWIDIVRGVDWLESDLKTSLRDLLINQKGGKITYDDTGITRIRQVIETSLQRAVNRKFLSTYTVTVPKASQVALADKKARILKDITFHGILAGAILDVDLKGTVAYE

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 7 polymer

描述 description	gp127
分子量 formula_weight	18446.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MAEVISISNATRVHSYRGVLIITDELTVEAGSRVSLSGYVSDGGTSDVFTICRLLDAPMNGKQFISNNCNEIVKIPFDSSCLLGVKLYNCENKRVNVNSVEAAFITIDTAFQSPMTVNKESNRLEYIFSQNDYKVLVKGKVYDMIVNVVDESGNHSTILKQKVRFN

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

Entity 8 polymer

描述 description	Phage protein
分子量 formula_weight	11614.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P

MGTLTIDGKNKILATLTPTTIVLHNVDPTADPTANKVTQPVAIFFSEPNNGLIASEDTVNITVPASATVSHFSLWDDNSKCVATGALSSPQFFAEEGIYVISSVSIDLNK

来源 Source

来源生物 organism	Shigella phage Sf14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2024304
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri Y

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	37006

fit	/app/data/saxs_computation/c3/9c39/9c39.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/9c39/9c39.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/9c39/9c39.dat

Bacteriophage Sf14 neck C6 reconstruction

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)