9c3s

;Crystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV from Burkholderia cenocepacia in complex with duplex DNA substrate containing GTATAC as recognition sequence ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c3s
沉积日期 deposition_date	2024-06-02
结构标题 title	;Crystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV from Burkholderia cenocepacia in complex with duplex DNA substrate containing GTATAC as recognition sequence ;
关键词 keywords	DNA N6-Adenine Methyltransferase, M.BceJIV, Burkholderia cenocepacia, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.31 Å
零角强度 I(0) i0	417428000.00
分子量 molecular_weight	143090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168200 Å³
包络体积 envelope_volume	233650 Å³
水化壳体积 shell_volume	47260 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.3 Å
壳层 Rg shell_rg	46.55 Å
包络 Rg envelope_rg	40.26 Å
形状 Rg shape_rg	41.27 Å
总 Rg total_rg	41.63 Å
总原子数 total_atoms	9963
残基数 n_residues	1096
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.1 Å
Rg (实空间) rg_real	41.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	417400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8639
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.789
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.842

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Methyltransferase
分子量 formula_weight	31490.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10295

MRDLIEEPGGGAASEAGAVQPAAAVPRALPSGIELHNRDFLTDAAHLPDASIDLIVADPPYGLGKDYGNDSDKRSGDDFLAWTREWLELAIPKLKPSGSMYIFCTWQYAPEIFSFLKTQLTMVNEIIWDRRVPSMGGTTRRFTSVHDNIGFFAVSRAYYFDLDPVRIPYDADTKKARSRKLFEGSKWLEMGYNPKDVWSVSRLHRQHAERVDHPTQKPLEIIERMVLASCPPGGRVLDPFMGSGTTAVACARQGRDFVGYEINESYCAIAHERVNALAAPACA

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cenocepacia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	95486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA1
分子量 formula_weight	4254.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G,I,K

TTGTATACTAGCCA

Entity 3 polymer

描述 description	DNA2
分子量 formula_weight	4303.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H,J,L

ATGGCTAGTATACA

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SINEFUNGIN
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	316

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	137.728 Å
晶胞边长 b length_b	137.728 Å
晶胞边长 c length_c	167.315 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	32.760 Å
R 因子 r_factor	0.1917
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2437

fit	/app/data/saxs_computation/c3/9c3s/9c3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/9c3s/9c3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/9c3s/9c3s.dat

;Crystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV from Burkholderia cenocepacia in complex with duplex DNA substrate containing GTATAC as recognition sequence ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)