9c5e

Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin

Method: SOLUTION NMR D_max: 67.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c5e
沉积日期 deposition_date	2024-06-06
结构标题 title	Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin
关键词 keywords	Covalent complex E3 ligase Thioether Haddock, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.03 Å
零角强度 I(0) i0	447160000.00
分子量 molecular_weight	169320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208450 Å³
包络体积 envelope_volume	38213 Å³
水化壳体积 shell_volume	17141 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.19 Å
包络 Rg envelope_rg	20.31 Å
形状 Rg shape_rg	17.01 Å
总 Rg total_rg	17.34 Å
总原子数 total_atoms	23370
残基数 n_residues	1480
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	447200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.478
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.121
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	485600.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.524; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.573; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase parkin
分子量 formula_weight	8280.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23370

TVDPNRAAEARWDEASNVTIKVSTKPCPKCRTPTERDGGCMHMVCTRAGCGFEWCWVCQTEWTRDCMGAHWFG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8639.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/c5/9c5e/9c5e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/9c5e/9c5e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/9c5e/9c5e.dat

Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)