9c6w

;Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:06 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 (2 molecules/asymmetric unit) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c6w
沉积日期 deposition_date	2024-06-09
结构标题 title	;Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:06 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 (2 molecules/asymmetric unit) ;
关键词 keywords	HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-39 ALPHA CHAIN, BETA-2-MICROGLOBULIN, NLRP2, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.40 Å
零角强度 I(0) i0	154482000.00
分子量 molecular_weight	92344.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112770 Å³
包络体积 envelope_volume	148570 Å³
水化壳体积 shell_volume	40008 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.42 Å
包络 Rg envelope_rg	30.00 Å
形状 Rg shape_rg	30.40 Å
总 Rg total_rg	31.08 Å
总原子数 total_atoms	6479
残基数 n_residues	773
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9113
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.582
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
分子量 formula_weight	46912.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7014

NRVMLPKAAGCGASGGGGSGGGGSMIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDMGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQICKTNTQTDRESLRNLRGCYNQSEAGSHTWQTMYGCDVGPDGRLLRGHNQFAYDGKDYIALNEDLSSWTAADTAAQITQRKWEAARVAEQLRTYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE
分子量 formula_weight	250.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	419

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.244 Å
晶胞边长 b length_b	84.237 Å
晶胞边长 c length_c	149.204 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.730 Å
R 因子 r_factor	0.1881
R_work r_work	0.1866
R_free r_free	0.2155

fit	/app/data/saxs_computation/c6/9c6w/9c6w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c6/9c6w/9c6w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c6/9c6w/9c6w.dat