9c7h

Cryo-EM structure of respiratory supercomplex III

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 176.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c7h
沉积日期 deposition_date	2024-06-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of respiratory supercomplex III
关键词 keywords	electron transporter, heart, respiratory supercomplex, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.74 Å
零角强度 I(0) i0	2981280000.00
分子量 molecular_weight	465360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	584960 Å³
包络体积 envelope_volume	803370 Å³
水化壳体积 shell_volume	121680 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.5 Å
壳层 Rg shell_rg	59.10 Å
包络 Rg envelope_rg	52.41 Å
形状 Rg shape_rg	53.74 Å
总 Rg total_rg	53.91 Å
总原子数 total_atoms	32776
残基数 n_residues	4128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.1 Å
Rg (实空间) rg_real	54.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2982000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8828
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	325000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.752

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	10685.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,Ab
原子数 atom_count	32776

MGLEDEQRMLTGSGDPKEEEEEEEELVDPLTTVREQCEQIEKCIKARERLELCDQRVSSRSQTEEDCTEELFDFLHARDHCVAHKLFNSLK

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
分子量 formula_weight	7412.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,Ac

MAAPTLTARLYSLLFRRTSTFALTIAVGALFFERAFDQGADAIYEHINQGKLWKHIKHKYENKE

Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase, Rieske iron-sulfur polypeptide 1
分子量 formula_weight	32174.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,4,Af,Ae

SSAGALTSRIPRLSPLYAPAPLAEGRPGDPPGFQSCCRHVVCRFPLGPFCAGVVGHAALPATSESPVLDAKRSFLCRESLSGQAAGRPLVASVGLNVPASVRYSHTDIRVPDFSDYRRAEVLDSTKSSKESSDARKGFSYLITATTTVGVAYAAKNAVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLERVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPTYEFTSDDLVIVG

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10
分子量 formula_weight	6560.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,Ad

MLSRFLGPRYRELARNWIPTASMWGAVGAVGLVWATDWRLILDWVPYINGKFKKED

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	52756.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5,u

MAASAVCRVAGTGSRVLLRTCRSPALLRSPALRGTATYAQALQSVPETQVSQLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDAGSRYENEKNNGAGYFVEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLADIVQNCSLEDSQIEKERDVILQELQENDSSMRDVVFDYLHATAFQGTPLAQSVEGPSENVRKLSRADLTEYVSQHYKAPRMVLAAAGGVEHRQLLDLAQKHFSSLSGTYVEDAVPAFTPCRFTGSEIRHRDDALPLAHVAIAVEGPGWANPDNVPLQVANAIIGHYDSTYGGGTHMSSTLASVAATRKLCQSFQTFNICYAETGLLGAHFVCDNMSIDDMMFFLQGQWMRLCTSATESEVVRGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREVCSKYFYDQCPAVAGLGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	48262.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6,v

MKLITRAGSFSRFYSLKVAPKALASAAPAGVPLQPQDLEFTRLPNGLVIASLENYAPASRIGLFIKAGSRYEDSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTSTRESMAYTVECLRDDIEILMEFLLNVTAAPEFRRWEVAALQSQLRIDKAVAFQNPQAQVLENLHAAAYRNALANSLYCPDYRIGKVTPDQLHYYVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAERFLNMRGGLGLSGAKAKYRGGEIRDQNGDSLVHAALVAESAATGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGSNATSSLYQAVAKGVHQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQAASAGDVIKSAYDQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSEGFLDEVGSQALVAGSYVQPSTVLQQIDSVADADVINAAKKFVSGRKSMAASGNLGHTPFVDEL

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42840.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7,w

MTNIRKSHPLMKIINNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWVIRYLHANGASMFFICLFIHVGRGLYYGSYMFLETWNIGVVLLFTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIITALAAVHLLFLHETGSNNPTGISSDMDKIPFHPYYTIKDILGALFMMLILLILVLFSPDLLGDPDNYTPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALVASILILILMPMLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWMLVADLITLTWIGGQPVEHPFIIIGQLASILYFLIILVLMPITSIIENNLLKW

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	35488.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8,x

MSAAAAASLRGAVLGPRGAGLPGARARGLLCGPRPGQLPLRTPQALSLSSKSGLSRGRKVILSALGMLAAGGAGLAVALHSAVSATDLELHAPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEEEAKALAEEVEVQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIAMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWASEPEHDHRKRMGLKMLMMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13587.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9,y

MASRPAVAASSKWLEGIRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTIYEDDDVKEAIRRLPENLYNDRVFRIKRALDLTMRQQILPKEQWTKYEEDKFYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9784.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	z,Aa

MGREFGHLTRMRHVITYSLSPFEQRAFPHYFTKGIPNVLRRTRACILRVAPPFVVFYLVYTWGTQEFEKSKRKNPAAYENDK

Entity 11 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	43845

fit	/app/data/saxs_computation/c7/9c7h/9c7h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/9c7h/9c7h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/9c7h/9c7h.dat

Cryo-EM structure of respiratory supercomplex III

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)