9c7j

Crystal structure of caryolan-1-ol synthase complexed with 2-fluorofarnesyl diphosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c7j
沉积日期 deposition_date	2024-06-10
结构标题 title	Crystal structure of caryolan-1-ol synthase complexed with 2-fluorofarnesyl diphosphate
关键词 keywords	Terpene synthase, Cyclase, Sesquiterpene synthase, Inhibitor, Complex, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.88 Å
零角强度 I(0) i0	316756000.00
分子量 molecular_weight	136290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167520 Å³
包络体积 envelope_volume	212710 Å³
水化壳体积 shell_volume	51922 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.37 Å
包络 Rg envelope_rg	33.28 Å
形状 Rg shape_rg	33.89 Å
总 Rg total_rg	34.36 Å
总原子数 total_atoms	9570
残基数 n_residues	1196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	316800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9061
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	100200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.925

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	(+)-caryolan-1-ol synthase
分子量 formula_weight	39694.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.138,4.2.3.89
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9824

MGHHHHHHENLYFQGSQITLPAFHMPFQSAGCHPGLAETREAAWEWAAAEGLDLSVPARRKMIRTRPELWISLIFPQATQAHLDLFCQWLFWAFLVDDEFDDGPAGRDPLMCERAIARLVDVFDGAAPNGPMERALAGLRDRTCRGRSPQWNRQFRRDTAAWLWTYYAEAVERAAGQVPSRAEFAKHRRDSVAMQPFLCLHEITAGIDLPDSARSLPAYIALRNAVTDHSGLCNDICSFEKEAALGYEHNAVRLIQRDRGSTLQEAVDEAGIQLARIAERVQRAERELIEEIEAAGIDGPTRTALERCVRDYRGLVRGDFDYHARAERYTRPDLVELDERDSLSRHFAA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces griseus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(2Z,6E)-2-fluoro-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl trihydrogen diphosphate
分子量 formula_weight	400.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	173.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.648 Å
晶胞边长 b length_b	89.606 Å
晶胞边长 c length_c	114.814 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.2065
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2492

fit	/app/data/saxs_computation/c7/9c7j/9c7j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/9c7j/9c7j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/9c7j/9c7j.dat