9c9b

Crystal structure of AprG complexed with an epimer of the octose product

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c9b
沉积日期 deposition_date	2024-06-13
结构标题 title	Crystal structure of AprG complexed with an epimer of the octose product
关键词 keywords	Transaldolase, Schiff base, Bicyclic octose formation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.65 Å
零角强度 I(0) i0	169583000.00
分子量 molecular_weight	68414.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65718 Å³
包络体积 envelope_volume	101520 Å³
水化壳体积 shell_volume	33359 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.83 Å
包络 Rg envelope_rg	24.85 Å
形状 Rg shape_rg	24.62 Å
总 Rg total_rg	25.29 Å
总原子数 total_atoms	5178
残基数 n_residues	667
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7209
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.315; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	AprG
分子量 formula_weight	37110.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6002

LSGNSPHELKNAAQRAADWLVERQRPNGALPSRTAVIESCYKGMWALHTAGHTQAASAVADYVTSLLQPDGDIPQPREERYFLDVHYLYANGYLTIGAHVLGRFGLSRKLMSFVETMRNPATGGFRSHGPAIPGDGRCDSVSTSISGLAALYTGRVDTARSAADFLGSLWVGQPDRKNVFHAVADASGAVLTSDDAVAVQVRKAEGDWYFIGLPAFFLTALYEATEDRAYLDLATDLMTYMDEDCDEDAFVDSSCGKAGVAAALLYRLTGRPRYREIAEGIGTLLCERQSPYGYWSEEETGDVADLFWGDLDMTAEYVLWLDLIGRNLASGERVWAGKR

来源 Source

来源生物 organism	Streptoalloteichus tenebrarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1933
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(2-hydroxyethyl)acetamide
分子量 formula_weight	103.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源 Source

来源生物 organism	Streptoalloteichus tenebrarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1933
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 7-acetamido-2-amino-2,3,7-trideoxy-L-glycero-alpha-D-allo-octopyranoside
分子量 formula_weight	408.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源 Source

来源生物 organism	Streptoalloteichus tenebrarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1933
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	690

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.520 Å
晶胞边长 b length_b	76.720 Å
晶胞边长 c length_c	123.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	61.670 Å
R 因子 r_factor	0.1674
R_work r_work	0.1670
R_free r_free	0.1928

fit	/app/data/saxs_computation/c9/9c9b/9c9b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/9c9b/9c9b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/9c9b/9c9b.dat

Crystal structure of AprG complexed with an epimer of the octose product

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

来源 Source

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)