9c9o

M. tuberculosis PKS13 acyltransferase (AT) domain in complex with SuFEx inhibitor CMX410 - reaction product

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c9o
沉积日期 deposition_date	2024-06-14
结构标题 title	M. tuberculosis PKS13 acyltransferase (AT) domain in complex with SuFEx inhibitor CMX410 - reaction product
关键词 keywords	;polyketide synthase, acyltransferase domain, inhibitor, mycobacteria, Structural Genomics, TB Structural Genomics Consortium, TBSGC, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.17 Å
零角强度 I(0) i0	337893000.00
分子量 molecular_weight	98105.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94336 Å³
包络体积 envelope_volume	170750 Å³
水化壳体积 shell_volume	41060 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.43 Å
包络 Rg envelope_rg	33.57 Å
形状 Rg shape_rg	34.14 Å
总 Rg total_rg	34.58 Å
总原子数 total_atoms	7409
残基数 n_residues	944
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.7 Å
Rg (实空间) rg_real	34.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	337900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9094
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.136
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.716
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Polyketide synthase Pks13
分子量 formula_weight	55527.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7875

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNARFDEFGNIITDSAVAEEPEPELPGVTEEALRLKEAALEELAAQEVTAPLVPLAVSAFLTSRKKAAAAELADWMQSPEGQASSLESIGRSLSRRNHGRSRAVVLAHDHDEAIKGLRAVAAGKQAPNVFSVDGPVTTGPVWVLAGFGAQHRKMGKSLYLRNEVFAAWIEKVDALVQDELGYSVLELILDDAQDYGIETTQVTIFAIQIALGELLRHHGAKPAAVIGQXLGEAASAYFAGGLSLRDATRAICSRSHLMGEGEAMLFGEYIRLMALVEYSADEIREVFSDFPDLEVCVYAAPTQTVIGGPPEQVDAILARAEAEGKFARKFATKGASHTSQMDPLLGELTAELQGIKPTSPTCGIFSTVHEGRYIKPGGEPIHDVEYWKKGLRHSVYFTHGIRNAVDSGHTTFLELAPNPVALMQVALTTADAGLHDAQLIPTLARKQDEVSSMVSTMAQLYVYGHDLDIRTLFSRASGPQDYANIPPTRFK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Polyketide synthase Pks13
分子量 formula_weight	55546.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNARFDEFGNIITDSAVAEEPEPELPGVTEEALRLKEAALEELAAQEVTAPLVPLAVSAFLTSRKKAAAAELADWMQSPEGQASSLESIGRSLSRRNHGRSRAVVLAHDHDEAIKGLRAVAAGKQAPNVFSVDGPVTTGPVWVLAGFGAQHRKMGKSLYLRNEVFAAWIEKVDALVQDELGYSVLELILDDAQDYGIETTQVTIFAIQIALGELLRHHGAKPAAVIGQSLGEAASAYFAGGLSLRDATRAICSRSHLMGEGEAMLFGEYIRLMALVEYSADEIREVFSDFPDLEVCVYAAPTQTVIGGPPEQVDAILARAEAEGKFARKFATKGASHTSQMDPLLGELTAELQGIKPTSPTCGIFSTVHEGRYIKPGGEPIHDVEYWKKGLRHSVYFTHGIRNAVDSGHTTFLELAPNPVALMQVALTTADAGLHDAQLIPTLARKQDEVSSMVSTMAQLYVYGHDLDIRTLFSRASGPQDYANIPPTRFK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	4-({2,6-difluoro-4-[3-(methanesulfonamido)-1H-1,2,4-triazol-1-yl]phenyl}methoxy)phenyl hydrogen sulfate
分子量 formula_weight	476.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	444

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.673 Å
晶胞边长 b length_b	106.673 Å
晶胞边长 c length_c	258.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	52.240 Å
R 因子 r_factor	0.1956
R_work r_work	0.1937
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/c9/9c9o/9c9o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/9c9o/9c9o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/9c9o/9c9o.dat

M. tuberculosis PKS13 acyltransferase (AT) domain in complex with SuFEx inhibitor CMX410 - reaction product

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)