9c9r

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like domain, F1090C/G1326S variant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c9r
沉积日期 deposition_date	2024-06-14
结构标题 title	Crystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like domain, F1090C/G1326S variant
关键词 keywords	GCN2 Integrative stress response, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.05 Å
零角强度 I(0) i0	154454000.00
分子量 molecular_weight	99816.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125320 Å³
包络体积 envelope_volume	159370 Å³
水化壳体积 shell_volume	42784 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.17 Å
包络 Rg envelope_rg	30.80 Å
形状 Rg shape_rg	31.04 Å
总 Rg total_rg	31.71 Å
总原子数 total_atoms	7045
残基数 n_residues	905
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7049
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.371
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	60300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.954

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	non-specific serine/threonine protein kinase
分子量 formula_weight	54218.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	F1090C, G1326S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7219

MTDPNSPYFEKVLGSLFARQVEPAKDYAWDMGSTLPTPDDLMRRFIVKDTLITIFRRHGAVEAPTATLYPKSSHYGPNAVHLLDRNGTVLQLPCDLVMGHARSLARIASGPVPQRAYSFGNIFRDRQDGGQPDVYGEVDFDIVTTDAMDLAMKEAEVIKVLDEIIAAFPTTSSTPMCFQLGHSDLLQLIFDFCNVEHGARQAAAEVLSKLNIRNFTWQKVRSELRSPLVGISATSVDELQRFDWRDTPTKAFTKIRNLFEGTEYYDKVSSTLAHLKEVYEYSKKFKVNTKIYIAPLSSINEAFFRGGILFSCLYDRKVMDVFAAGGRYDSLIKAHRPRIGSRFEERHAVGFSLNWEKQLAKPVPKTTGKAFLKKAAEEEAQGIFSAKRCDVLVASFDPSILRSSGIELLQMLWAHGISAELARDARSPEDLLTTYRDESYSWIVIIKQESQLKIKTMHRKDVPDADIQAKDLLAWLKAEI

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	153

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.111 Å
晶胞边长 b length_b	52.714 Å
晶胞边长 c length_c	136.891 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	45.710 Å
R 因子 r_factor	0.2006
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2486

fit	/app/data/saxs_computation/c9/9c9r/9c9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/9c9r/9c9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/9c9r/9c9r.dat

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like domain, F1090C/G1326S variant

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)