9cbg

Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 in Complex with m-Aminoethyl Phenylthioketone

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cbg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cbg
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9cbg
沉积日期 deposition_date2024-06-19
结构标题 titleCrystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 in Complex with m-Aminoethyl Phenylthioketone
关键词 keywordsHydrolase, histone deacetylase, inhibitor, metallohydrolase, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.11
零角强度 I(0) i068266100.00
分子量 molecular_weight63768.0 kDa
排除体积 excluded_volume79213 ų
包络体积 envelope_volume94593 ų
水化壳体积 shell_volume31235 ų
包络直径 envelope_diameter96.9
壳层 Rg shell_rg32.69
包络 Rg envelope_rg25.70
形状 Rg shape_rg25.15
总 Rg total_rg25.76
总原子数 total_atoms4477
残基数 n_residues613
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.4
Rg (实空间) rg_real26.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real6.8270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal68270000.0000
解质量估计 total_estimate0.8489
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.3
偏度 Skewness skewness0.462
峰度 Kurtosis kurtosis-0.099
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19190000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.951

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)