SAXSdb — 9cc7

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cc7
沉积日期 deposition_date	2024-06-20
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Bacteriophage PhiTE extended connector complex
关键词 keywords	connector, neck, sheath, tube, PhiTE, virus, phage, adaptor, tail terminator, head completion, portal, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	108.80 Å
零角强度 I(0) i0	1126720000.00
分子量 molecular_weight	286790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	359650 Å³
包络体积 envelope_volume	772280 Å³
水化壳体积 shell_volume	66734 Å³
包络直径 envelope_diameter	343.2 Å
壳层 Rg shell_rg	72.75 Å
包络 Rg envelope_rg	103.90 Å
形状 Rg shape_rg	108.70 Å
总 Rg total_rg	108.50 Å
总原子数 total_atoms	20196
残基数 n_residues	2622
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	277.0 Å
Rg (实空间) rg_real	99.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	89.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1070000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7161
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.155
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1242
最高正则化参数 α highest_alpha	27790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.230; Stabil: 0.795; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.364; Smooth: 0.872

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PhiTE adaptor protein
分子量 formula_weight	20132.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C
原子数 atom_count	20196

MTNEQVIELVRVLLGGITTEEISDQTIIFFWTKWKLTYDLDNRPEKIPAALYNTVVDCVRWLIVQEVSSGNSSIRERFEKIGDETISVKGGSSWESWKDFLDWLELNPDYIDPSLAFNSSLVIIGGVRKDEFFRVKNNPNSYNGFMEQGVYPTPAIPKQSAWPCTAARRSPWMVR

Entity 2 polymer

描述 description	PhiTE head completion protein
分子量 formula_weight	16585.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARAYSLLSSRNRLIPRVEVQCRKREWVKTDPDSPFLNGGREVLYTPFTAVECTVQPMRGKAIRDQNNQLMIGGEEDYDSYTVYSETLLFRAREGTEHLSDQMLLPDSGGGQTWFTVMKADMYPSSGVPRYRYYLIAVPVGTEGGL

Entity 3 polymer

描述 description	PhiTE tail terminator protein
分子量 formula_weight	25623.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MALPLDFTNSDVVMGALTKAVGRLCLDVTGYDVVEADETIPKPEGPYILVDLSLLTPLDWATNEVVDEDGVVHTAHNYTASYTLTAYRGKPHWALSRVHQAFGLPFLREKYFPTGSPYAYSSTSNIARMRVPLNQQMFENRARTIVTFNATFVEKDLGTFEDIEHIIIGIDVDNPSGPPIGIGADYDKGVKPGGDDPGLPPKPNPPIVYHDAIAQVCMATPVIDKPALISDKTGE

Entity 4 polymer

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	17280.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MLNQSKILTLQAYDPAKVLVFIGGQRVSGFAADTKIVITRNNDNISVHAGVDGEISNALSRDNTGVMTLSLQNTAKWNGYLAQWQRQANVTGLIYLPVQVEGSQGLSLNTIGWIQKQPDLSYGTEVGQMDWEIGVLDAWLSPDQIQGIAAGITGLLGLDQ

Entity 5 polymer

描述 description	Tail sheath protein
分子量 formula_weight	50647.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MAEYQDKVVDVEVSLGTQPIDTVGFETPMFLAMHGNFPERIRFYVSTAGMVADGFAVGSPAYQFATNAFAGNFAPQRVAIGRMSIDSSKVDFTGTTNTEQVVVNITLNKVVKAVKINVLPGNTPAQIATALADAVTADADLTGKATAVATGTYVTVTAVSPNVVSVGKGAGVYKIVNESSETVATVLPSVIAENHNWYFLATEARSDADIVAAAEFAKANYKLHIYNSTDVDAYAPENSAASVFDTLKSLSYDSLGTSDAGADVDFTEGSVIGAMAANDPSYGDSLHLKTMPGMVPFAGSDTQRSNAWSRNANIYRGLYGGGSYIEGKTSSGQYVDVIRFSHWVKFRMEESVFAYMKRRSDMGLSMKMSDEDLPVLKSVLMNNPINIGIRNGGILTGYDTENKVSYDPTIIIPKRANIPTNDLAARILRDVKVELVYNNSLHYVKIRASVVLDRPAGQSTNAQTPMSSSAVGV

Entity 6 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	55500.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MSRKRNRNRSVQVAKATSEQLNVSRMRMSEQGTFALAKVQVDSERMKAEEIRWPHLIGTAESMKQDATVATGLDMLYTFVEKAFKDFKVIPGESEESKKAAKFIEYCLKNMEGQTLRQFARDAATFNEYGLSVVEKVYTQIAVGEYVGKYKVKNLAFRPQASLSRTNPIVYNSDGSAIVGIKQSLSAFQNYTASEIGVGGVSTRMSDVIIPISRVMLMNTGGSSSQALGVSPLVGCYRAWREKILIENLEVVGATKDMGGVIELKIPSQILNKAAMDPSSPEADMVRGLMSDAANAHSGEQSFFMLPSDTKDNAPQYSMTLKGIDGMGKQYSTAQLISDRKKSILDRLGAGFINVGNDKGGSYNLSESKQTIHTQFVQRVNEIILEALNENLLPQLLALNDIRLPETEMPYVKAGEIVDVDMEGFSKAIQRIGAVGYLPKTPKVINRVLEVLGIDEKIEEDISQEELMKLLGEDTSRAGDGMTKGSSGNGTGKISASRDNSAANLDN

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	14858

fit	/app/data/saxs_computation/cc/9cc7/9cc7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cc/9cc7/9cc7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cc/9cc7/9cc7.dat

Bacteriophage PhiTE extended connector complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)