SAXSdb — 9cck

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cck
沉积日期 deposition_date	2024-06-21
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	Multi-copper oxidase with a C-terminal cupredoxin domain from Nitrosopumilus maritimus
关键词 keywords	Copper, trinuclear, hydroxylamine, cupredoxin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.81 Å
零角强度 I(0) i0	3755160000.00
分子量 molecular_weight	509900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	630860 Å³
包络体积 envelope_volume	943240 Å³
水化壳体积 shell_volume	114630 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.4 Å
壳层 Rg shell_rg	73.61 Å
包络 Rg envelope_rg	64.07 Å
形状 Rg shape_rg	67.82 Å
总 Rg total_rg	67.85 Å
总原子数 total_atoms	35820
残基数 n_residues	4508
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.0 Å
Rg (实空间) rg_real	67.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3759000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8315
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	103.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.802
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	174500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.617

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Copper-containing nitrite reductase
分子量 formula_weight	45943.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H,J,K
原子数 atom_count	39687

DSSDTFPKFKNPNPQTLSYTLIAQDAEIEVSPGVRAKVWTYNGTVPAPTLRFSEGDDVTVKFVNDTPYAHTIHFHGTHDSANDGVFPMIMPGEEYTYHFVAEEAGLFMYHCHAFPTSEHVRMGMFGTMIIDPAIRPMDPAREYFFTLSEFDPNNALEHFTEFYPINGYAGQYMDNPIRVVSGELTRFYVVGIGGVLQSPFHVHSTIMKVYPSGILWNEPYYAQTHLIGNGDTAIIEATWTQPGMYLFHVHGIQEERGSMAMIEVLEDASSLSDVQRPSNNKGSYSMVEWQEDLIRTLEQPQLISYENLGESAAISSEKVSADKVSIVKDSWNPEITESYDPIAIQVDSGTTVTWTNDDSVVHTVTDNENSFDSGFIQAGNTWSYSFDNPGEFDYICTLHPWMKGTISVN

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosopumilus maritimus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	338192
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Copper-containing nitrite reductase
分子量 formula_weight	34943.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

DSSDTFPKFKNPNPQTLSYTLIAQDAEIEVSPGVRAKVWTYNGTVPAPTLRFSEGDDVTVKFVNDTPYAHTIHFHGTHDSANDGVFPMIMPGEEYTYHFVAEEAGLFMYHCHAFPTSEHVRMGMFGTMIIDPAIRPMDPAREYFFTLSEFDPNNALEHFTEFYPINGYAGQYMDNPIRVVSGELTRFYVVGIGGVLQSPFHVHSTIMKVYPSGILWNEPYYAQTHLIGNGDTAIIEATWTQPGMYLFHVHGIQEERGSMAMIEVLEDASSLSDVQRPSNNKGSYSMVEWQEDLIRTLEQPQLISYENLG

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosopumilus maritimus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	338192
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	56

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3867

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	173.292 Å
晶胞边长 b length_b	92.976 Å
晶胞边长 c length_c	204.483 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	84.560 Å
R 因子 r_factor	0.2002
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2258

fit	/app/data/saxs_computation/cc/9cck/9cck.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cc/9cck/9cck.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cc/9cck/9cck.dat

Multi-copper oxidase with a C-terminal cupredoxin domain from Nitrosopumilus maritimus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)