SAXSdb — 9cd8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cd8
沉积日期 deposition_date	2024-06-24
最后修订 last_revision	2025-10-29
结构标题 title	Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase from Cryptococcus neoformans H99 in complex with inhibitor HGN-1310 (dd3-027)
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Acetyl-coenzyme A synthetase 2, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.71 Å
零角强度 I(0) i0	1229680000.00
分子量 molecular_weight	192770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186730 Å³
包络体积 envelope_volume	325480 Å³
水化壳体积 shell_volume	65662 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.54 Å
包络 Rg envelope_rg	41.24 Å
形状 Rg shape_rg	40.73 Å
总 Rg total_rg	40.89 Å
总原子数 total_atoms	14595
残基数 n_residues	1848
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.0 Å
Rg (实空间) rg_real	41.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1230000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8809
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	97250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.911

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Acetyl-coenzyme A synthetase
分子量 formula_weight	77516.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15201

MHHHHHHHHENLYFQGKTEVAPGVHHVHPLPDSVPESEDLFAPPPRMQGKEGRPKPHIGPNYESYVKEWAKTVGPNSDEWWAAKARETLDWYDDFKTVRAGGFEHGDVQWFPEGTLNAAYNCLDRHYYKNPKKTAIIYEADEPSESREVSYEELMQETCRVANVLKSYGVKKGDAVSIYLPMTWQAAAAFLACARIGAIHSAVFAGFSAESLRDRVNDCECKVLITTDEGRRGGKTIATKQIVDAALQQCPLVENVLVLRRTGNKVPMTEGRDKWWDEECAKMPAYCPCERMASEDPLFILYTSGSTGKPKGVVHSTAGYLLGTALTLKYVFDAHPDDRFACMADIGWITGHSYIIYGPLANGITTAVFESTPVYPTPSRYWDFVDKWKATQLYTAPTAIRLLRRMGEDHVKNHDLSSLRVLGSVGEPINPEAWHWYNDFAGKNQCAIVDTYWMTETGSISIAPLPGAISTKPGSATFPFFGMDVDIIDPQTGQVLEGNDVEGVLVARRPWPSIARTVYRDHKRYLETYMKPYPGYFFFGDGAARDYDGYMWIKGRVDDVINVSGHRLSTAEVESALILHKGVAETAVVGCADDLTGQAVYAFVTMKPEFDLKATKEADLSKELAIQVRKVIGPFAAPKKIYLVSDLPKTRSGKIMRRVLRKIVAGEGDQLGDLSSIADPQIVEEVKQKVTGSA

来源 Source

来源生物 organism	Cryptococcus neoformans var. grubii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	178876
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Acetyl-coenzyme A synthetase
分子量 formula_weight	77475.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MHHHHHHHHENLYFQGKTEVAPGVHHVHPLPDSVPESEDLFAPPPRMQGKEGRPKPHIGPNYESYVKEWAKTVGPNSDEWWAAKARETLDWYDDFKTVRAGGFEHGDVQWFPEGTLNAAYNCLDRHYYKNPKKTAIIYEADEPSESREVSYEELMQETCRVANVLKSYGVKKGDAVSIYLPMTWQAAAAFLACARIGAIHSAVFAGFSAESLRDRVNDCECKVLITTDEGRRGGKTIATKQIVDAALQQCPLVENVLVLRRTGNKVPMTEGRDKWWDEECAKMPAYCPCERMASEDPLFILYTSGSTGKPKGVVHSTAGYLLGTALTLKYVFDAHPDDRFACMADIGWITGHSYIIYGPLANGITTAVFESTPVYPTPSRYWDFVDKWKATQLYTAPTAIRLLRRMGEDHVKNHDLSSLRVLGSVGEPINPEAWHWYNDFAGKNQCAIVDTYWMTETGSISIAPLPGAISTKPGSATFPFFGMDVDIIDPQTGQVLEGNDVEGVLVARRPWPSIARTVYRDHKRYLETYMKPYPGYFFFGDGAARDYDGYMWIKGRVDDVINVSGHRLSTAEVESALILHKGVAETAVVGCADDLTGQAVYAFVTMKPEFDLKATKEADLSKELAIQVRKVIGPFAAPKKIYLVSDLPKTRSGKIMRRVLRKIVAGEGDQLGDLSSIADPQIVEEVKQKVTGSA

来源 Source

来源生物 organism	Cryptococcus neoformans var. grubii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	178876
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	(5P)-3-azido-N-[(5-cyclopropyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]-5-(2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl)-N-methylbenzamide
分子量 formula_weight	415.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	548

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	176.224 Å
晶胞边长 b length_b	176.224 Å
晶胞边长 c length_c	159.461 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	124.610 Å
R 因子 r_factor	0.1805
R_work r_work	0.1785
R_free r_free	0.2192

fit	/app/data/saxs_computation/cd/9cd8/9cd8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cd/9cd8/9cd8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cd/9cd8/9cd8.dat

Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase from Cryptococcus neoformans H99 in complex with inhibitor HGN-1310 (dd3-027)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)