9cds

Crystal structure of OspA ST1 from B. burgdorferi bound to monoclonal antibody LA-2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cds
沉积日期 deposition_date	2024-06-25
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Crystal structure of OspA ST1 from B. burgdorferi bound to monoclonal antibody LA-2
关键词 keywords	Lyme disease, Outer Surface Protein A (OspA), IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.57 Å
零角强度 I(0) i0	325543000.00
分子量 molecular_weight	145190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	181310 Å³
包络体积 envelope_volume	255600 Å³
水化壳体积 shell_volume	53999 Å³
包络直径 envelope_diameter	199.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.64 Å
包络 Rg envelope_rg	46.08 Å
形状 Rg shape_rg	44.49 Å
总 Rg total_rg	44.75 Å
总原子数 total_atoms	10203
残基数 n_residues	1341
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	325200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6760
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.295
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8937
最高正则化参数 α highest_alpha	22720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.008; Oscil: 0.948; Stabil: 0.980; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.006

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Hybridoma Antibody LA2 (Light Chain)
分子量 formula_weight	23608.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10807

DIQMTQSPSSLSATLGGKVTITCKASQDINKYIAWYQHKPGKGPRLLIHYTSTLQPGNPSRFSGSGSGRDYSFSISNLEAEDIAIYYCLQYDNLQRTFGGGTKVEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Hybridoma Antibody LA2 (Heavy Chain)
分子量 formula_weight	22629.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYTFTDYSMYWVKQAPGKGLKRMGWINTETGEPTYADDFKGRFALSLDTSASTAYLHISNLKNEDTATYFCARGLDSWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Outer surface protein A
分子量 formula_weight	31632.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MKAILVVLLYTFTTANAEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKNKDGKYDLIATVDKLELKGTSDKNNGAGVLEGVKADKSKVKLTISDDLGQTTLEVFKEDGKTLVSKKVTSKDKSSTEEKFNEKGEVSEKIITRADGTRLEYTGIKSDGSGKAKEVLKGFILEGRFTAEKTTLVVKEGTVTLSKDISKSGEVSVELQDTDSSAATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKENTITVQQYDSNGVKLEGSAVEITKLDEIKNALKLVPRGSGHHHHHHHHSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	563

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.555 Å
晶胞边长 b length_b	68.555 Å
晶胞边长 c length_c	619.736 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	59.100 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2023
R_free r_free	0.2333

fit	/app/data/saxs_computation/cd/9cds/9cds.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cd/9cds/9cds.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cd/9cds/9cds.dat

Crystal structure of OspA ST1 from B. burgdorferi bound to monoclonal antibody LA-2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)