9cfa

Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eODgt8 in complex with Fab eOD-CL04.1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 141.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cfa
沉积日期 deposition_date	2024-06-27
最后修订 last_revision	2025-06-25
结构标题 title	Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eODgt8 in complex with Fab eOD-CL04.1
关键词 keywords	HIV, Fab, vaccine, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.90 Å
零角强度 I(0) i0	571869000.00
分子量 molecular_weight	193630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	241010 Å³
包络体积 envelope_volume	328960 Å³
水化壳体积 shell_volume	64491 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.55 Å
包络 Rg envelope_rg	41.99 Å
形状 Rg shape_rg	42.86 Å
总 Rg total_rg	43.25 Å
总原子数 total_atoms	13622
残基数 n_residues	1765
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	571900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8775
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.263
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.781

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab eOD-CL04.1 lambda light chain
分子量 formula_weight	22878.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A,E
原子数 atom_count	13622

QTVVTQEPSLTVSPGGTVTLTCASSTGAVTSGFYPSWFQQKPGQTPRTLIYSTNNKHSWTPARFSGSLLGGKAALTLSGVQPEDEADYYCLLYYGGVWVFGGGTRLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab eOD-CL04.1 heavy chain
分子量 formula_weight	23247.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B,F

EVQLVESGGGLVEPGGSLRLSCAASGFNFSNYGMNWVRQAPGKGLECISYISGSSSTKYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRDEDTAVYYCARDHWGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eODgt8
分子量 formula_weight	19889.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G

ETGDTITLPCRPAPPPHCSSNITGLILTRQGGYSNANTVIFRPSGGDWRDIARCQIAGTVVSTQLFLNGSLAEEEVVIRSEDWRDNAKSICVQLATSVEIACTGAGHCAISRAKWANTLKQIASKLREQYGAKTIIFKPSSGGDPEFVNHSFNCGGEFFYCASTQLFASTWFASTGTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	159.818 Å
晶胞边长 b length_b	159.333 Å
晶胞边长 c length_c	101.057 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.2257
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2588

fit	/app/data/saxs_computation/cf/9cfa/9cfa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cf/9cfa/9cfa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cf/9cfa/9cfa.dat

Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eODgt8 in complex with Fab eOD-CL04.1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)