9cg8

CRYSTAL STRUCTURE OF THE P285S VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cg8
沉积日期 deposition_date	2024-06-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE P285S VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST
关键词 keywords	enzyme, missense variant, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.68 Å
零角强度 I(0) i0	1235370000.00
分子量 molecular_weight	290150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	361580 Å³
包络体积 envelope_volume	493770 Å³
水化壳体积 shell_volume	83301 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.0 Å
壳层 Rg shell_rg	53.45 Å
包络 Rg envelope_rg	47.87 Å
形状 Rg shape_rg	48.70 Å
总 Rg total_rg	48.77 Å
总原子数 total_atoms	20449
残基数 n_residues	2709
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.3 Å
Rg (实空间) rg_real	48.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1236000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.080
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	111100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.722

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine hydroxymethyltransferase
分子量 formula_weight	55020.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.1
突变 mutation	P285S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	21383

MGMHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNMDPVSVWGNTPLATVDPEIHDLIEKEKRRQCRGIELIASENFTSFAVIEALGSALTNKYSEGMPGNRYYGGNEYIDQIENLCRSRALQAFHLDAQSWGVNVQPYSGSPANFAAYTAVLNPHDRIMGLDLRSGGHLTHGYYTSGGKKISATSIYFESLPYKVNSTTGYIDYDRLEEKALDFRPKLIICGGSAYPRDWDYKRFREVADKCGALLLCDMAHTSGLVAAQEVNSPFEYCDIVTTTTHKSLRGPRAGMIFYRKGPKPPKKGQPENAVYDFEDKINFAVFSSLQGGPHNHQIGALAVALKQAASPGFKAYAKQVKANAVALGKYLMGKGYSLVTGGTENHLVLWDLRPLGLTGYKVEKLCDLCNITVNKNAVFGDSSALAPGGVRIGAPAMTSRGLVEKDFEQIGEFLHRAVTLTLEIQKEHGKLLKDFNKGLVNNKAIEDLKADVEKFSALFDMPGFLVSEMKYKD

来源 Source

来源生物 organism	Glycine max
通用名 common_name	soybean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	865

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	174.175 Å
晶胞边长 b length_b	174.175 Å
晶胞边长 c length_c	183.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.500 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2660

fit	/app/data/saxs_computation/cg/9cg8/9cg8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cg/9cg8/9cg8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cg/9cg8/9cg8.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE P285S VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR FORREST

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)