9ch3

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-L63D) heteromeric complex (bound to SAH)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ch3
沉积日期 deposition_date	2024-07-01
最后修订 last_revision	2025-01-29
结构标题 title	Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-L63D) heteromeric complex (bound to SAH)
关键词 keywords	Alpha-N-methyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.26 Å
零角强度 I(0) i0	302742000.00
分子量 molecular_weight	142270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178140 Å³
包络体积 envelope_volume	223410 Å³
水化壳体积 shell_volume	49078 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.64 Å
包络 Rg envelope_rg	37.92 Å
形状 Rg shape_rg	38.27 Å
总 Rg total_rg	38.55 Å
总原子数 total_atoms	10007
残基数 n_residues	1272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	302700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	72510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.849

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	TP-methylase family protein
分子量 formula_weight	29068.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,H,J
原子数 atom_count	10190

MGSLVCVGTGLQLAGQISVLSRSYIEHADIVFSLLPDGFSQRWLTKLNPNVINLQQFYAQNGEVKNRRDTYEQMVNAILDAVRAGKKTVCALYGHPGVFACVSHMAITRAKAEGFSAKMEPGISAEACLWADLGIDPGNSGHQSFEASQFMFFNHVPDPTTHLLLWQIAIAGEHTLTQFHTSSDRLQILVEQLNQWYPLDHEVVIYEAANLPIQAPRIERLPLANLPQAHLMPISTLLIPPAKKLEYNYAILAKLGIGPEDLG

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella oneidensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70863
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	8798.6 kDa
突变 mutation	L63D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHMSGLSDFFTQLGQDAQLMEDYKQNPEAVMRAHGLTDEQINAVMTGDMEKLKTLSGDSSYQSYDVISHGNGD

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella oneidensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70863
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB LigA subunit domain-containing protein
分子量 formula_weight	8784.6 kDa
突变 mutation	L63D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,K

MHHHHHHMSGLSDFFTQLGQDAQLMEDYKQNPEAVMRAHGLTDEQINAVMTGDMEKLKTLSGDSSYQSYDVISHGNGD

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella oneidensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70863
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	52.000 Å
晶胞边长 b length_b	108.400 Å
晶胞边长 c length_c	59.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2772
R_work r_work	0.2761
R_free r_free	0.2989

fit	/app/data/saxs_computation/ch/9ch3/9ch3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/9ch3/9ch3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/9ch3/9ch3.dat

Structure of the alpha-N-methyltransferase (SonM) and RiPP precursor (SonA-L63D) heteromeric complex (bound to SAH)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)