9chy

Crystal structure of the human MESH1 (D66K)-PAPS complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9chy
沉积日期 deposition_date	2024-07-02
结构标题 title	Crystal structure of the human MESH1 (D66K)-PAPS complex
关键词 keywords	phosphatase, PAPS, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.69 Å
零角强度 I(0) i0	31814900.00
分子量 molecular_weight	41256.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50899 Å³
包络体积 envelope_volume	60355 Å³
水化壳体积 shell_volume	23386 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.35 Å
包络 Rg envelope_rg	22.04 Å
形状 Rg shape_rg	21.69 Å
总 Rg total_rg	22.50 Å
总原子数 total_atoms	2896
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7025
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.283
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1 ;
分子量 formula_weight	20514.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.7.2
突变 mutation	D66K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3223

HMGSEAAQLLEAADFAARKHRQQRRKDPEGTPYINHPIGVARILTHEAGITDIVVLQAALLHDTVEKTDTTLDEVELHFGAQVRRLVEEVTDDKTLPKLERKRLQVEQAPHSSPGAKLVKLADKLYNLRDLNRCTPEGWSEHRVQEYFEWAAQVVKGLQGTNRQLEEALKHLFKQRGLTI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE ;
分子量 formula_weight	507.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.950 Å
晶胞边长 b length_b	71.700 Å
晶胞边长 c length_c	75.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	39.890 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	0.2213

fit	/app/data/saxs_computation/ch/9chy/9chy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/9chy/9chy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/9chy/9chy.dat