9cip

MicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain

Method: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY D_max: 93.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cip
沉积日期 deposition_date	2024-07-03
最后修订 last_revision	2024-08-14
结构标题 title	MicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain
关键词 keywords	Hydrolase, protease, thiol protease; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.54 Å
零角强度 I(0) i0	178978000.00
分子量 molecular_weight	104000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128760 Å³
包络体积 envelope_volume	153630 Å³
水化壳体积 shell_volume	42030 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.12 Å
包络 Rg envelope_rg	29.20 Å
形状 Rg shape_rg	29.51 Å
总 Rg total_rg	30.38 Å
总原子数 total_atoms	7325
残基数 n_residues	915
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	179000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6958
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.594
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.077; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Clostripain
分子量 formula_weight	59805.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7331

MLRRKVSTLLMTALITTSFLNSKPVYANPVTKSKDNNLKEVQQVTSKSNKNKNQKVTIMYYCDADNNLEGSLLNDIEEMKTGYKDSPNLNLIALVDRSPRYSSDEKVLGEDFSDTRLYKIEHNKANRLDGKNEFPEISTTSKYEANMGDPEVLKKFIDYCKSNYEADKYVLIMANHGGGAREKSNPRLNRAICWDDSNLDKNGEADCLYMGEISDHLTEKQSVDLLAFDACLMGTAEVAYQYRPGNGGFSADTLVASSPVVWGPGFKYDKIFDRIKAGGGTNNEDDLTLGGKEQNFDPATITNEQLGALFVEEQRDSTHANGRYDQHLSFYDLKKAESVKRAIDNLAVNLSNENKKSEIEKLRGSGIHTDLMHYFDEYSEGEWVEYPYFDVYDLCEKINKSENFSSKTKDLASNAMNKLNEMIVYSFGDPSNNFKEGKNGLSIFLPNGDKKYSTYYTSTKIPHWTMQSWYNSIDTVKYGLNPYGKLSWCKDGQDPEINKVGNWFELLDSWFDKTNDVTGGVNHYQW

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.790 Å
晶胞边长 b length_b	106.070 Å
晶胞边长 c length_c	149.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.400 Å
R 因子 r_factor	0.2396
R_work r_work	0.2379
R_free r_free	0.2726

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/ci/9cip/9cip.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ci/9cip/9cip.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ci/9cip/9cip.dat

MicroED structure of the C11 cysteine protease clostripain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)