9cmk

Crystal structure of p110alpha-RAS binding domain (RBD) in complex with molecular glue D927

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cmk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cmk
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9cmk
沉积日期 deposition_date2024-07-15
结构标题 titleCrystal structure of p110alpha-RAS binding domain (RBD) in complex with molecular glue D927
关键词 keywordsRAS, PI3Kalpha, p110alpha, PIK3CA, RBD, glue, D927, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.48
零角强度 I(0) i032084500.00
分子量 molecular_weight29971.0 kDa
排除体积 excluded_volume29466 ų
包络体积 envelope_volume50491 ų
水化壳体积 shell_volume20795 ų
包络直径 envelope_diameter72.6
壳层 Rg shell_rg26.77
包络 Rg envelope_rg20.52
形状 Rg shape_rg20.43
总 Rg total_rg21.23
总原子数 total_atoms2259
残基数 n_residues269
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.5
Rg (实空间) rg_real21.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real3.2080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8998
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.173
峰度 Kurtosis kurtosis-0.465
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6442000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)