SAXSdb — 9cmw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cmw
沉积日期 deposition_date	2024-07-15
结构标题 title	The cryo-EM structure of BamACDE complex from Neisseria gonorrhoeae
关键词 keywords	;beta barrel assembly machinery, BAM complex, outer membrane protein, Neisseria, Neisseria gonnorhoeae, protein folding, beta barrel membrane protein, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.51 Å
零角强度 I(0) i0	258025000.00
分子量 molecular_weight	128430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	160320 Å³
包络体积 envelope_volume	244730 Å³
水化壳体积 shell_volume	54013 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.13 Å
包络 Rg envelope_rg	36.94 Å
形状 Rg shape_rg	38.52 Å
总 Rg total_rg	38.86 Å
总原子数 total_atoms	9069
残基数 n_residues	1153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.9 Å
Rg (实空间) rg_real	38.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	258100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.048
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	33580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.941

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamA
分子量 formula_weight	88026.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9069

MGKYLLPTAAAGLLLLAAQPAMDFTIQDIRVEGLQRTEPSTVFNYLPVKVGDTYNDTHGSAIIKSLYATGFFDDVRVETADGQLLLTVIERPTIGSLNITGAKMLQNDAIKKNLESFGLAQSQYFNQATLNQAVAGLKEEYLGRGKLNIQITPKVTKLARNRVDIDITIDEGKSAKITDIEFEGNQVYSDRKLMRQMSLTEGGIWTWLTRSDRFDRQKFAQDMEKVTDFYQNNGYFDFRILDTDIQTNEDKTRQTIKITVHEGGRFRWGKVSIEGDTNEVPKAELEKLLTMKPGKWYERQQMTAVLGEIQNRMGSAGYAYSEISVQPLPNAGTKTVDFVLHIEPGRKIYVNEIHITGNNKTRDEVVRRELRQMESAPYDTSKLQRSKERVELLGYFDNVQFDAVPLAGTPDKVDLNMSLTERSTGSLDLSAGWVQDTGLVMSAGVSQDNLFGTGKSAALRASRSKTTLNGSLSFTDPYFTADGVSLGYDIYGKAFDPRKASTSVKQYKTTTAGGGVRMGIPVTEYDRVNFGLAAEHLTVNTYNKAPKRYADFIRKYGKTDGADGSFKGLLYKGTVGWGRNKTDSASWPTRGYLTGVNAEIALPGSKLQYYSATHNQTWFFPLSKTFTLMLGGEVGIAGGYGRTKEIPFFENFYGGGLGSVRGYESGTLGPKVYDEYGEKISYGGNKKANVSAELLFPMPGAKDARTVRLSLFADAGSVWDGRTYTAAENGNNKSVYSENAHKSTFTNELRYSAGGAVTWLSPLGPMKFSYAYPLKKKPEDEIQRFQFQLGTTF

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae FA 1090
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	242231
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor bamC
分子量 formula_weight	41946.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGQLRKLLLPGLLSVTLLSGCGMGSGSKTEQPKLDYQSRSHRLIKLEVPPDLNNPDQGNLYRLPAGSGAVRASDLEKRRTPAVQQPADAEVLKSVKGVRLERDGSQRWLVVDGKSPAEIWPLLKAFWQENGFDIESEEPAIGQMETEWAENRAKIPQDSLRRLFDTVGLGGIYSTGERDKFIVRIEQGKNGVSDIFFAHKAMKEVYGDKNKDTTMWQPSASDPNLEAAFLTRFMQYLGVDGRQAENALAKKPTLPAANEMARIEGKSLIVFGDYGRNWRRTGLALDRIGLTVVGQNTERHAFLVQKAPNESNAVTEQKPGLFKRLLGKGKAEKPAEQPELIVYAEPVADGSRIVLLNKDGSAYAGKDASALLGKLHSELR

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae FA 1090
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	242231
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamD
分子量 formula_weight	31535.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQLRKLLLPGLLSVTLLSGCAMGATQGTADKDAQITQDWSVEKLYAEAQDELNSSNYTRAVKLYEILESRFPTSRHARQSQLDTAYAYYKDDEKDKALAAIERFRRLHPQHPNMDYALYLRGLVLFNEDQSFLNKLASQDWSDRDPKANREAYQAFAELVQRFPNSKYAADATARMVKLVDALGGNEMSVARYYMKRGAYIAAANRAKKIIGSYQNTRYVEESLAILELAYKKLDKPQLAADTRRVLETNFPKSPFLTHAWQPDDMPWWRYWH

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae FA 1090
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	242231
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamE
分子量 formula_weight	15915.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQLRKLLLPGLLSVTLLSGCAMDSVERVSLFPSYKLKIIQGNELEPRAVAALRPGMTKDQVLLLLGSPILRDAFHTDRWDYTFNTSRNGIIKERSNLTVYFENGVLVRTEGDALQNAAEALRAKQNADKQHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae FA 1090
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	242231
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95431

fit	/app/data/saxs_computation/cm/9cmw/9cmw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/9cmw/9cmw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/9cmw/9cmw.dat

The cryo-EM structure of BamACDE complex from Neisseria gonorrhoeae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)