9cmz

Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor KG2-051

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cmz
沉积日期 deposition_date	2024-07-15
最后修订 last_revision	2024-07-24
结构标题 title	Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor KG2-051
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Protein kinase 6, Plasmodium falciparum, inhibitor, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.19 Å
零角强度 I(0) i0	128010000.00
分子量 molecular_weight	96603.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123240 Å³
包络体积 envelope_volume	161100 Å³
水化壳体积 shell_volume	38525 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.92 Å
包络 Rg envelope_rg	33.19 Å
形状 Rg shape_rg	34.20 Å
总 Rg total_rg	34.77 Å
总原子数 total_atoms	6800
残基数 n_residues	833
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6831
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.059
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.709
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.854

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein kinase 6
分子量 formula_weight	35847.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22
突变 mutation	C44N, C53R, C222N, K237A, K86A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6826

GSMNRIDISNFDFLYVIGKGTYGIVYKALDKKENNFVAIKKIINLNDENYGISKRILRELTILQKIKHKNIINLKYVFYGKDIEDKLAGENLENSCLYLAFEYCDIDLFNLIKKHNLNIKEIKYIIFELLLALSYFHSNNYIHRDIKPENIFITSEGEIKLGDLGMSVEKSDHMTPTVVTLWYRAPEILLKSTNYDQKVDIWSLGCLFMELIQGRPLFPGKNDNTQLELIYLLLGDKDALTTVDKERKDMFPYFEINMLKDAIDDEHTLDLISKMLIYDPNYRISSKEALKHPCFQDIEQVKFSYN

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4-{[5-chloro-4-(5-chlorothiophen-2-yl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)[4-(pyrrolidin-1-yl)piperidin-1-yl]methanone
分子量 formula_weight	502.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.539 Å
晶胞边长 b length_b	99.428 Å
晶胞边长 c length_c	78.148 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	34.660 Å
R 因子 r_factor	0.2214
R_work r_work	0.2196
R_free r_free	0.2553

fit	/app/data/saxs_computation/cm/9cmz/9cmz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/9cmz/9cmz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/9cmz/9cmz.dat

Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor KG2-051

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction