9cnv

HIV-2 CA hexamer bound with CPSF6 peptide; assembled via liposome templating

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 80.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cnv
沉积日期 deposition_date	2024-07-15
结构标题 title	HIV-2 CA hexamer bound with CPSF6 peptide; assembled via liposome templating
关键词 keywords	HIV-2, Capsid, IP6, CPSF6, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.18 Å
零角强度 I(0) i0	14892300.00
分子量 molecular_weight	27295.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33357 Å³
包络体积 envelope_volume	43297 Å³
水化壳体积 shell_volume	17004 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.24 Å
包络 Rg envelope_rg	23.35 Å
形状 Rg shape_rg	23.11 Å
总 Rg total_rg	24.02 Å
总原子数 total_atoms	1898
残基数 n_residues	233
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8767
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.321
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.585
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1422000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.795; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	26809.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1898

PVQQTGGGNYIHVPLSPRTLNAWVKLVEDKKFGAEVVPGFQALSEGCTPYDINQMLNCVGDHQAAMQIIREIINDEAADWDAQHPIPGPLPAGQLRDPRGSDIAGTTSTVEEQIQWMYRPQNPVPVGNIYRRWIQIGLQKCVRMYNPTNILDVKQGPKEPFQSYVDRFYKSLRAEQTDPAVKNWMTQTLLIQNANPDCKLVLKGLGMNPTLEEMLTACQGVGGPGQKARLMGSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11709
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
分子量 formula_weight	1550.8 kDa
突变 mutation	Delta(1-312) and Delta(328-358)
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PVLFPGQPFGQPPLG

Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.16 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2537344

fit	/app/data/saxs_computation/cn/9cnv/9cnv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cn/9cnv/9cnv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cn/9cnv/9cnv.dat

HIV-2 CA hexamer bound with CPSF6 peptide; assembled via liposome templating

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)