SAXSdb — 9cp3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cp3
沉积日期 deposition_date	2024-07-17
结构标题 title	Post-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes
关键词 keywords	aCascade Cascade CRISPR CRISPR-Cas Cas Cas5 Cas7 crRNA TypeI-A, DNA-RNA HYBRID, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.17 Å
零角强度 I(0) i0	588774000.00
分子量 molecular_weight	197690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	246550 Å³
包络体积 envelope_volume	334230 Å³
水化壳体积 shell_volume	62805 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.1 Å
壳层 Rg shell_rg	48.06 Å
包络 Rg envelope_rg	45.31 Å
形状 Rg shape_rg	45.18 Å
总 Rg total_rg	45.28 Å
总原子数 total_atoms	13974
残基数 n_residues	1696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.0 Å
Rg (实空间) rg_real	44.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	588600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8221
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.476
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	178200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.779; Smooth: 0.728

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
分子量 formula_weight	35308.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,D,A
原子数 atom_count	13974

MISGSVRFLVNLESLNGVESIGNLTKHRTAPVVLKTSTGYLVRYVPVISGEALAHAYQASLVDIAKKEGLPVGSLSSQYEFIKFSTDEALKIEGIKEPKDYNDARRFEVEVMLKDVIADVGGFMYAGGAPVRRTSRIKLGYMIPALRGDEIPAQLEAQFHVRFSNKPVSGSQAIFNVEVSSALYTFSFELDEDLIAVPSTFGEKVKGEEELERQKAKRVKSAIKALYSLLSGNFGGKRSRFLPSMKLMSLVVTKTDFPFMPEPAHDDDYIKTTIMRLGKAKGVLNGNLAKAYVINNEGIEVGEGVTVLSTVEDLVVKLEEE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (32-MER)
分子量 formula_weight	20161.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	S

AUUGAAAGUUCUGUUUCGAAGAAAACCCGCCUCAGAUUCAUUAUGGGGAUAAUCUCUUAUAGA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
分子量 formula_weight	27431.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MIYSKVFLKLHWGFSVVKPLAAKAKPGFYLPPPTTLIGALSYGKFRGVDNINLGNVYGSPAYNFRNIMATARLESEGVYTEDIIRNVISYFQRKERRENPRYIYGVIPTGKVYIPNGRLVVVYVTDSISKEELEKLCWSITRIGCKECLASVENVEVGEAKKVSGRVKTRYYFRDTVKVVGRKEFLEYVTFWEENGYIWGKEGSPVRYILPITTYPLASKEVEVEAKEAYEVGGEYVVFS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPGPTPTPTPTPCPCPTPCPGPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4302.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

GGGTTTTCCTCGGA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	488961

fit	/app/data/saxs_computation/cp/9cp3/9cp3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cp/9cp3/9cp3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cp/9cp3/9cp3.dat

Post-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)