9cqd

Antibody 2B11 bound to the central conserved domain of RSV G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 178.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cqd
沉积日期 deposition_date	2024-07-19
结构标题 title	Antibody 2B11 bound to the central conserved domain of RSV G
关键词 keywords	antibody, respiratory syncytial virus, G glycoprotein, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.00 Å
零角强度 I(0) i0	1928980000.00
分子量 molecular_weight	366450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	457770 Å³
包络体积 envelope_volume	717860 Å³
水化壳体积 shell_volume	103850 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.1 Å
壳层 Rg shell_rg	60.10 Å
包络 Rg envelope_rg	55.63 Å
形状 Rg shape_rg	57.98 Å
总 Rg total_rg	58.11 Å
总原子数 total_atoms	25772
残基数 n_residues	3422
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.6 Å
Rg (实空间) rg_real	58.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1930000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6292
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.561
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	91420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.269

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Mature secreted glycoprotein G
分子量 formula_weight	5735.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,S,T,U,V,j,A
原子数 atom_count	25772

MGSKPNNDFHFEVFNFVPCSICSNNPTCWAICKRIPNKKPGKKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus A2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1972429
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 2B11 Heavy Chain
分子量 formula_weight	27321.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J,L,P,R,X,Z,H

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVPCKASGGTFSTYPISWVRQAPGQGLEWMGRIIPDPPMANIAQKFQGRVSFSADKSTTIVYMELSSLRSEDTAVYFCAREILQSPPFAVDVWGQGTMVAVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCASLVPRGSGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Fab 2B11 Light Chain
分子量 formula_weight	23517.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,I,K,O,Q,W,Y

QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGSSSDVGGYSHVSWYQQHPGKVPKLIISEVSNRPSGISNRFSGSKSANTASLTISGLQPEDEADYYCGSYASTNILHYVFGTGTKVTVLSRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.654 Å
晶胞边长 b length_b	184.339 Å
晶胞边长 c length_c	161.236 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	80.040 Å
R 因子 r_factor	0.2927
R_work r_work	0.2919
R_free r_free	0.3242

fit	/app/data/saxs_computation/cq/9cqd/9cqd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cq/9cqd/9cqd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cq/9cqd/9cqd.dat

Antibody 2B11 bound to the central conserved domain of RSV G

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)