SAXSdb — 9cql

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cql
沉积日期 deposition_date	2024-07-19
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Dimeric 9C2 gamma delta TCR bound by Fab 3
关键词 keywords	TCR, CD3, gamma delta, Fab, OKT3, immune receptor, T cell, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.62 Å
零角强度 I(0) i0	317055000.00
分子量 molecular_weight	149290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187710 Å³
包络体积 envelope_volume	274340 Å³
水化壳体积 shell_volume	48699 Å³
包络直径 envelope_diameter	196.9 Å
壳层 Rg shell_rg	49.20 Å
包络 Rg envelope_rg	50.08 Å
形状 Rg shape_rg	51.59 Å
总 Rg total_rg	51.62 Å
总原子数 total_atoms	10522
残基数 n_residues	1310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.5 Å
Rg (实空间) rg_real	51.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	316600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7511
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.580
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.580; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.380; Smooth: 0.642

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	9C2 TCR delta chain
分子量 formula_weight	31280.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A
原子数 atom_count	10522

AQKVTQAQSSVSMPVRKAVTLNCLYETSWWSYYIFWYKQLPSKEMIFLIRQGSDEQNAKSGRYSVNFKKAAKSVALTISALQLEDSAKYFCALGDPGGLNTDKLIFGKGTRVTVEPRSQPHTKPSVFVMKNGTNVACLVKEFYPKDIRINLVSSKKITEFDPAIVISPSGKYNAVKLGKYEDSNSVTCSVQHDNKTVHSTDFEVKTDSTDHVKPKETENTKQPSKSCHKPKAIVHTEKVNMMSLTVLGLRMLFAKTVAVNFLLTAKLFFLSRGRAKRGSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	9C2 TCR gamma chain
分子量 formula_weight	33697.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B

SSNLEGGTKSVTRPTRSSAEITCDLTVINAFYIHWYLHQEGKAPQRLLYYDVSNSKDVLESGLSPGKYYTHTPRRWSWILILRNLIENDSGVYYCATWDRGNPKTHYYKKLFGSGTTLVVTDKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDVIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEKSLDKEHRCIVRHENNKNGVDQEIIFPPIKTDVITMDPKDNCSKDANDTLLLQLTNTSAYYMYLLLLLKSVVYFAIITCCLLRRTAFCCNGEKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	anti TCR variable delta 1 Fab heavy chain Fab 3
分子量 formula_weight	24193.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,C

QVQLQQPGADLVRPGTSVKLSCKASGYTFTSYWMHWVQQRPGQGLEWIGVIDPSDSYTNYNQKFKGKATLTVDTSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSDDYDEGYFFDQWGQGTTLTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	anti TCR variable delta 1 Fab light chain Fab 3
分子量 formula_weight	24032.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,D

DVVMTQTPLTLSVTVGQPASISCKSSQSLLHSNGKTYLNWLLQRPGQSPKLLIYLVSKVESGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGLYYCLQVTHFPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.46 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	29351

fit	/app/data/saxs_computation/cq/9cql/9cql.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cq/9cql/9cql.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cq/9cql/9cql.dat

Dimeric 9C2 gamma delta TCR bound by Fab 3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)