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9crd

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: B.1 variant 1 open RBD

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 173.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9crd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9crd
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9crd
沉积日期 deposition_date2024-07-22
结构标题 titleCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: B.1 variant 1 open RBD
关键词 keywordsSARS-CoV-2 variant, B.1 strain, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.87 Å
零角强度 I(0) i01812670000.00
分子量 molecular_weight359470.0 kDa
排除体积 excluded_volume451310 ų
包络体积 envelope_volume639970 ų
水化壳体积 shell_volume104830 ų
包络直径 envelope_diameter186.5 Å
壳层 Rg shell_rg55.11 Å
包络 Rg envelope_rg49.21 Å
形状 Rg shape_rg49.92 Å
总 Rg total_rg49.88 Å
总原子数 total_atoms25316
残基数 n_residues3099
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax173.9 Å
Rg (实空间) rg_real50.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1813000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8652
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.1 Å
偏度 Skewness skewness0.349
峰度 Kurtosis kurtosis-0.220
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha309800000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.919
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)