9csi

A. baumannii MsbA Bound to Cerastecin Compound 5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9csi
沉积日期 deposition_date	2024-07-23
结构标题 title	A. baumannii MsbA Bound to Cerastecin Compound 5
关键词 keywords	MsbA, antibacterial, inhibitor, cerastecin, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.60 Å
零角强度 I(0) i0	63711400.00
分子量 molecular_weight	64666.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81616 Å³
包络体积 envelope_volume	110470 Å³
水化壳体积 shell_volume	28682 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.37 Å
包络 Rg envelope_rg	35.65 Å
形状 Rg shape_rg	35.63 Å
总 Rg total_rg	35.66 Å
总原子数 total_atoms	4545
残基数 n_residues	569
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7843
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.630
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.256
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5806000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.639; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.548; Smooth: 0.726

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
分子量 formula_weight	66893.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4619

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDDKHMNQDFKVYLRLISYLKPYWGVALLVLIGFGMNSATEVSVAKLIKFIIDAIQNASRADLDWFPLLIILLVFFRGLGLFMGGYYTAVISRSLVFSIRQEVYAKLLRLPAQYYLDNSSGHITAKIMYNVEQLTAASSESLKTIVRDGMITLGLLGYLFYTNWRLTICIMVFLPVIGILVRKASKRMRKLSMQVQDTMGDVNHVVQESINGNAVVKSFAGEESEQERFYKSSEENLKRGLKMVIVQNLNSPVVQVVMACAMALIVWLALRPQILGNTTAGEFVAYITAAGLLSKPVKNLTDVNEKLQRGLAAAHSVFELLDLPEEQNSGELKPQLQGAIRFDHVVLNYADGTQAIKDFSLDIRPGETVALVGRSGAGKTSLVNMLVRFQEVSSGQIYLDDLPIRDIELSSLRTQIAMVNQQVVLFNRTVRENIAYGQLHNASDEDVIAAAKAAYAHDFIMNLPNGYDTVLGAQGLNLSGGQRQRIAIARAILKNAPILILDEATSALDNESEHFIQQAFDEAMQDRTTIVIAHRLSTIENADRIVVMDRGQIVEQGTHQELLAKHGAYYQLHQRNFEDQ

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MONOVACCENIN
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;3,3'-[(1,4-dioxobutane-1,4-diyl)bis(azanediyl)]bis[(4-butylbenzene-1-sulfonamido)benzoic acid] ;
分子量 formula_weight	778.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.277 Å
晶胞边长 b length_b	83.157 Å
晶胞边长 c length_c	338.094 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.380 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/cs/9csi/9csi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/9csi/9csi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cs/9csi/9csi.dat