9csn

;Crystal structure of human ribonuclease 7 (RNase 7) in complex with 5'-adenosine monophosphate (5'-AMP) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9csn
沉积日期 deposition_date	2024-07-24
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	;Crystal structure of human ribonuclease 7 (RNase 7) in complex with 5'-adenosine monophosphate (5'-AMP) ;
关键词 keywords	ribonuclease, RNase 7, hydrolase, transphosphorylase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.79 Å
零角强度 I(0) i0	17766100.00
分子量 molecular_weight	30249.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37284 Å³
包络体积 envelope_volume	47282 Å³
水化壳体积 shell_volume	18581 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.08 Å
包络 Rg envelope_rg	22.92 Å
形状 Rg shape_rg	22.77 Å
总 Rg total_rg	23.52 Å
总原子数 total_atoms	4211
残基数 n_residues	256
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8499
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2745000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.745; Smooth: 0.961

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease 7
分子量 formula_weight	14663.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4309

MKPKGMTSSQWFKIQHMQPSPQACNSAMKNINKHTKRCKDLNTFLHEPFSSVAATCQTPKIACKNGDKNCHQSHGAVSLTMCKLTSGKHPNCRYKEKRQNKSYVVACKPPQKKDSQQFHLVPVHLDRVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	BORIC ACID
分子量 formula_weight	61.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.110 Å
晶胞边长 b length_b	48.170 Å
晶胞边长 c length_c	62.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	42.760 Å
R 因子 r_factor	0.2215
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2624

fit	/app/data/saxs_computation/cs/9csn/9csn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/9csn/9csn.pr.out
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