9csy

SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to PF-07957472

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9csy
沉积日期 deposition_date	2024-07-24
结构标题 title	SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to PF-07957472
关键词 keywords	papain-like protease, PLpro, SARS-CoV-2 PLpro, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.60 Å
零角强度 I(0) i0	138433000.00
分子量 molecular_weight	93066.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115770 Å³
包络体积 envelope_volume	153200 Å³
水化壳体积 shell_volume	40028 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.58 Å
包络 Rg envelope_rg	33.31 Å
形状 Rg shape_rg	33.62 Å
总 Rg total_rg	33.93 Å
总原子数 total_atoms	6649
残基数 n_residues	871
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	138400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8631
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.463
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.219
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.709

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Papain-like protease
分子量 formula_weight	35927.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
突变 mutation	C111S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6785

SNAEVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNSYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-methyl-5-(4-methylpiperazin-1-yl)-N-{1-[(2P)-2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)quinolin-4-yl]cyclopropyl}benzamide
分子量 formula_weight	480.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	trifluoroacetic acid
分子量 formula_weight	114.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	136

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.866 Å
晶胞边长 b length_b	99.662 Å
晶胞边长 c length_c	188.682 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.595 Å
最低分辨率 resolution_low	45.150 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2348
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/cs/9csy/9csy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/9csy/9csy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cs/9csy/9csy.dat

SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to PF-07957472

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction