9cul

Bacteriophage PhiTE mature capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 262.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cul
沉积日期 deposition_date	2024-07-26
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Bacteriophage PhiTE mature capsid
关键词 keywords	capsid, head, MCP, PhiTE, Virus, Phage, VIRAL PROTEIN, decoration, icosahedral; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	96.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	97.94 Å
零角强度 I(0) i0	6508740000.00
分子量 molecular_weight	685220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	856740 Å³
包络体积 envelope_volume	1420500 Å³
水化壳体积 shell_volume	128550 Å³
包络直径 envelope_diameter	364.7 Å
壳层 Rg shell_rg	73.84 Å
包络 Rg envelope_rg	99.19 Å
形状 Rg shape_rg	97.95 Å
总 Rg total_rg	97.69 Å
总原子数 total_atoms	48409
残基数 n_residues	6208
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	262.7 Å
Rg (实空间) rg_real	90.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3560e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	90.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6386000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9193
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.646
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7281
最高正则化参数 α highest_alpha	159100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.010; Oscil: 1.000; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.002

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	37596.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,M,C,B,F,I,D,E,H,K,L,J,A
原子数 atom_count	48409

MQNGDFQILDYTGLISTMPRVDTLLQSMNLFTEHFGRTTVARIERLDDGAGDIKAVQRGGVRQHLANDRKKIVNLNIPFFPLDRSIDRADIQNFREFGTENAPATVDAEVQRHMARIRRSHAILKSKAMYAALKGTSWSPDDPVSDYNYYDVWGATQTTADVDFTKLGVDPIEVLEAEARAHIIDWAGDNGDNYEIVVLASRQWFSALIAHPQVTGAYSQYPSTQEILRRRLGGNANNRIFEHKNILFIEDISGNIPAGEAYIFPRGISRMFEIYYAPSDTLRDANQAAQELYVFFKESNYLREAKIESETSFLTVNNRPELVVKSTGKFTA

Entity 2 polymer

描述 description	Head stabilization/decoration protein
分子量 formula_weight	15552.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,b,c,a,d,l,k,i,j,h,f,g,m

MAKAHVATLEGNYSDIVLGRVVAFGDTGWNFKEVDMTFIADDADADSKTTLFAGVLVGEDGTPATAAAGVFGVLVDRKVLPGVDHYIGVFEPGEKVPMVLAVRGLTLNQLKLKYADGTAIDAAGIQALEAQGNQVTDKIVGTQFIGSVL

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	33053

fit	/app/data/saxs_computation/cu/9cul/9cul.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cu/9cul/9cul.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cu/9cul/9cul.dat

Bacteriophage PhiTE mature capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)