9cwp

Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.2.86 RBD in complex with TRI2-2 minibinder

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 71.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cwp
沉积日期 deposition_date	2024-07-29
结构标题 title	Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.2.86 RBD in complex with TRI2-2 minibinder
关键词 keywords	;Sarbecoviruses, Spike glycoprotein, Structural Genomic, inhibitor, viral protein, minibinder, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.75 Å
零角强度 I(0) i0	14334200.00
分子量 molecular_weight	28571.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35668 Å³
包络体积 envelope_volume	42024 Å³
水化壳体积 shell_volume	18463 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.54 Å
包络 Rg envelope_rg	20.05 Å
形状 Rg shape_rg	19.70 Å
总 Rg total_rg	20.76 Å
总原子数 total_atoms	2026
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7858
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.284
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4041000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	BA.2.86 spike protein RBD
分子量 formula_weight	21958.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	2026

NLCPFHEVFNATRFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIKGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKHSGNYDYWYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCKGKGPNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Pan-variant miniprotein TRI2-2
分子量 formula_weight	17565.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

ELEEQVMHVLDQVSELAHELLHKLTGEELERAAYFNWWATEMMLELIKSDDEREIREIEEEARRILEHLEELARKGGSEALEELEKALRELKKSTDELERSTEELEKNPSEDALVENNRLIVENNKIIVEVLRIIAKVLKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	299537

fit	/app/data/saxs_computation/cw/9cwp/9cwp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cw/9cwp/9cwp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cw/9cwp/9cwp.dat

Local refinement of the SARS-CoV-2 BA.2.86 RBD in complex with TRI2-2 minibinder

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)