9cya

C387S variant of D-ornithine/D-lysine decarboxylase complexed with HEPES and putrescine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cya
沉积日期 deposition_date	2024-08-01
最后修订 last_revision	2025-08-06
结构标题 title	C387S variant of D-ornithine/D-lysine decarboxylase complexed with HEPES and putrescine
关键词 keywords	;pyridoxal-5'-phosphate, Fold III, decarboxylase, D-amino acid, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.49 Å
零角强度 I(0) i0	47719800.00
分子量 molecular_weight	53212.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66342 Å³
包络体积 envelope_volume	79373 Å³
水化壳体积 shell_volume	27291 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.54 Å
包络 Rg envelope_rg	24.95 Å
形状 Rg shape_rg	24.48 Å
总 Rg total_rg	25.30 Å
总原子数 total_atoms	7389
残基数 n_residues	460
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8528
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.434
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.211
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.891; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	D-ornithine/D-lysine decarboxylase
分子量 formula_weight	54388.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.116
突变 mutation	C387S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8522

MTDSIMQNYNQLREQVINGDRRFQHKDGHLCFEGVDLDALARQYPTPFYVFSEPEIIRNIHEIQQAFAAHKNTKTFFASKTCSVMGVLKAIRDAGICAEANSQYEVRKCLEIGFRGDQIVFNGVVKKPADLEYAIANDLYLINVDSLYELEHIDAISRKLKKVANVCVRVEPNVPSATHAELVTAFHAKSGLDLEQAEETCRRILAMPYVHLRGLHMHVGDQVPESEPFAKATKVLVDESRRLEEVLGIKFDLINVGGGIPVPYKYDDENGDPLKDNMYAGITAQDFADAVIREVHKWRTDVEICIEPGRKVTGSAAVLLTEVSCEKRKTNYDLNGNVECHVEWKFVDAGYSVLSDSQHFDWFFYVYNASRMTAAHDAWIKLAGPLSDGGDYFHMGVKGEEFLLPKETHVGDIVAFLDAGAYTIESQTVYNNRPRTGVVMIDKNGDTRLIRREDSYEDMVKYDIYLLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,4-DIAMINOBUTANE
分子量 formula_weight	88.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	489

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	139.387 Å
晶胞边长 b length_b	50.591 Å
晶胞边长 c length_c	73.308 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	59.820 Å
R 因子 r_factor	0.1542
R_work r_work	0.1527
R_free r_free	0.1816

fit	/app/data/saxs_computation/cy/9cya/9cya.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/9cya/9cya.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/9cya/9cya.dat