9cyl

Structure of LAG3 loop1 deletion bound to the MHC class II molecule I-A(b)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cyl
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
结构标题 title	Structure of LAG3 loop1 deletion bound to the MHC class II molecule I-A(b)
关键词 keywords	LAG3, Immune checkpoint, T cell, complex, MHCII, immune therapy, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.08 Å
零角强度 I(0) i0	72886700.00
分子量 molecular_weight	66510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82952 Å³
包络体积 envelope_volume	113480 Å³
水化壳体积 shell_volume	32748 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.13 Å
包络 Rg envelope_rg	28.64 Å
形状 Rg shape_rg	29.06 Å
总 Rg total_rg	29.84 Å
总原子数 total_atoms	4699
残基数 n_residues	589
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9124
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	89.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.138
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.673
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
分子量 formula_weight	22026.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4699

EDDIEADHVGTYGISVYQSPGDIGQYTFEFDGDELFYVDLDKKETVWMLPEFGQLASFDPQGGLQNIAVVKHNLGVLTKRSNSTPATNEAPQATVFPKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVADGVYETSFFVNRDYSFHKLSYLTFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHWEPEIPAPMSELTE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
分子量 formula_weight	22637.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GGDSERHFVYQFMGECYFTNGTQRIRYVTRYIYNREEYVRYDSDVGEHRAVTELGRPDAEYWNSQPEILERTRAELDTVCRHNYEGPETHTSLRRLEQPNVVISLSRTEALNHHNTLVCSVTDFYPAKIKVRWFRNGQEETVGVSSTQLIRNGDWTFQVLVMLEMTPRRGEVYTCHVEHPSLKSPITVEWRA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Class-II-associated invariant chain peptide
分子量 formula_weight	1676.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

PVSKMRMATPLLMQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Secreted lymphocyte activation gene 3 protein
分子量 formula_weight	23321.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SGPGKELPVVWAQEGAPVHLPCSLKSPNLDPNFLRRGGVIWQHQPDSGGRYTVLSVAPGGLRSGRQPLHPHVQLEERGLQRGDFSLWLRPALRTDAGEYHATVRLPNRALSCSLRLRVGQASMIASPSGVLKLSDWVLLNCSFSRPDRPVSVHWFQGQNRVPVYNSPRHFLAETFLLLPQVSPLDSGTWGCVLTYRDGFNVSITYNLKVL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	184.994 Å
晶胞边长 b length_b	184.994 Å
晶胞边长 c length_c	122.672 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.660 Å
最低分辨率 resolution_low	92.500 Å
R 因子 r_factor	0.2709
R_work r_work	0.2680
R_free r_free	0.3257

fit	/app/data/saxs_computation/cy/9cyl/9cyl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/9cyl/9cyl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/9cyl/9cyl.dat

Structure of LAG3 loop1 deletion bound to the MHC class II molecule I-A(b)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)