9cys

Toxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cys
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
结构标题 title	Toxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae
关键词 keywords	lipase, toxin, immunity, methylglyoxal, TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.30 Å
零角强度 I(0) i0	50088600.00
分子量 molecular_weight	54765.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68462 Å³
包络体积 envelope_volume	81947 Å³
水化壳体积 shell_volume	27922 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.63 Å
包络 Rg envelope_rg	25.66 Å
形状 Rg shape_rg	25.27 Å
总 Rg total_rg	26.05 Å
总原子数 total_atoms	3855
残基数 n_residues	506
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6550
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.452
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.145
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	13230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.221; Positv: 1.000; Valcen: 0.843; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Ankyrin repeat domain-containing protein
分子量 formula_weight	25497.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	4363

MDLKPDNYFSGQQLTLARAIENGEVDEVIKLASGTDLNKPGKEDMTLLFWAVMNSINNQKTPERLNVITMLIKAGADPLQPRPQGKNSPAEFVLMADNADWIKAMLNAGLSPNAVDKTFGKPIIFQTLEAKNTKTLQAMLDKGADINITDSLGNTLLIDALDFHSYDHVLLLLERGADPEIKADNGWTMGNQLQRFLDRAKVGSDEYKKLNEIKDVLIQHGGKWPPTPVK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacter cloacae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	550
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	T6SS lipase effector
分子量 formula_weight	33826.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAKSHHHHHHTSTKAERWQARKDLIAKGSNSLYPDAQIAAKRLAANNIAVEKAKLAENVYKTVNPLEATPGVPEGWKDISNDAGALKKYGLDKEVLFDHADTPDFLARVYQPDSAVFGSDMNPTIVFRGSRQPEFFPTKNMADWINNGAQGLGMESDYYKRAVRLGSRLAKSVSKIDIAGHSLGGGLASATSIASGQAGWTFNAAGLHSTTVEKYGGSLLGEADNIQAYRVEGELLTKIQEVNLAEDYKMLKGHIPTLIAKEEISAIMPNAAGVVHDLPGGTGGPLDRHGIGQAIDCIEQQKDEDISIIRSRA

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacter cloacae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	550
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	methylglyoxal
分子量 formula_weight	72.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	471

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.081 Å
晶胞边长 b length_b	111.739 Å
晶胞边长 c length_c	119.337 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	36.920 Å
R 因子 r_factor	0.1858
R_work r_work	0.1829
R_free r_free	0.2118

fit	/app/data/saxs_computation/cy/9cys/9cys.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/9cys/9cys.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/9cys/9cys.dat

Toxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)